تسبب قرار مجلس جامعة القاهرة، الخاص بالقيادات المنتدبة جزئيًا في منصبي (رئيس القسم – العميد) في إحداث أزمة داخل جامعة بني سويف. ونص قرار مجلس الجامعة على اعتبار أن الفصل الدراسى الحالى 2015 /2016 هو آخر فصل لانتداب بعض الأساتذة، انتدابًا جزئيًا لشغل مناصب قيادية (عميد، وكيل، رئيس قسم) بكليات ومعاهد حكومية أو خاصة وتحويل ذلك إلى انتداب كلى وتتحمل الجهة المنتدب إليها الأستاذ دفع كل المستحقات وفقًا للقانون. وتتمثل الأزمة في أن جامعة بني سويف تعانى نقصًا في أعداد الأساتذة الجامعيين وأنها استعانت بعدد من أساتذة جامعة القاهرة انتدابا جزئيا في منصب العميد وبعض رؤساء الأقسام. ومن بين تلك المناصب 5 عمداء كليات داخل بنى سويف من أبناء جامعة القاهرة من بينهم (الإعلام، علاج طبيعى، طب أسنان) ومن المفترض أن يتم بموجب القرار إخلاء هذه الأماكن خلال إجازة منتصف العام تطبيقًا لقرار مجلس جامعة القاهرة والعودة لكلياتهم الأساسية أو يتم انتدابهم كليا وتتحمل الجامعة المنتدبة كل مستحقاتهم المالية. من جانبه أكد الدكتور أمين لطفي رئيس جامعة بني سويف أن قرار مجلس جامعة القاهرة الخاص بإلغاء الانتداب لقياداتها المنتدبين للجامعة جزئيا لن يؤثر على العملية التعليمية بالجامعة. وأشار رئيس جامعة بني سويف، إلى أن عمداء الكليات ورؤساء الأقسام المنتدبين جزئيًا وافقوا على مقترح تحويلهم إلى انتداب (كلى) واستمرار عملهم بالجامعة. وأوضح لطفي أنه مؤيد لقرار مجلس جامعة القاهرة لأنه يؤدى لتواجد عميد الكلية أو رئيس القسم في الجامعة طوال أيام الأسبوع بدلا من ثلاثة أيام فقط طبقا لنظام الانتداب الجزئي. ولفت رئيس الجامعة إلى أن عمداء كليات العلاج الطبيعي وطب الأسنان والحاسبات والمعلومات والإعلام وافقوا إلى الانتداب (الكلى).