في الوقت الذي حمّل فيه ذوو ضحايا مذبحة ماسبيرو التي حدثت في 9 أكتوبر 2011، مسؤولية الأحداث للمجلس العسكري الذي أدار البلاد في تلك الفترة الانتقالية، ذهب البابا تواضروس ليقول إن "الإخوان المسلمين هم وراء هذه المذبحة، لأنهم خدعوا الشباب المسيحي واستدرجوه للمواجهة مع قوات الأمن"، حسب قوله. جاء ذلك وفق مقطع فيديو متداول عبر مواقع التواصل الاجتماعي في الذكرى الرابعة من مذبحة الأقباط في ماسبيرو. وقال تواضروس وفقا للفيديو المتداول في لقاء مع فضائية سكاي نيوز إنه "تم الاعتداء على المقر البابوي في زمن الإخوان لأول مرة في التاريخ الإسلامي كله، وبأن حادث ماسبيرو كان خدعة من الإخوان للشباب المسيحي، استدرجوهم لمواجهة الجيش ثم تركوهم". وأحداث ماسبيرو أو ما يعرف ب"مذبحة ماسبيرو" وقعت في يوم 9 أكتوبر من عام 2011، وبدأت بتظاهرة انطلقت من شبرا باتجاه مبنى الإذاعة والتليفزيون "ماسبيرو" ضمن فعاليات يوم الغضب القبطي، ردًا على هدم سكان من قرية المريناب بمحافظة أسوان كنيسة قالوا أنها غير مرخصة، وتصريحات لمحافظ أسوان اعتبرت مسيئة بحق الأقباط. وتحولت الأحداث حينها إلى مواجهات بين المتظاهرين وقوات الجيش والشرطة العسكرية والأمن المركزي، وأفضت إلى مقتل بين 24 إلى 35 شخصًا أغلبهم من الأقباط.