منذ بدايات الثورة المصرية المباركة، ودور العلماء فيها أضعف الحلقات، بل كان منهم مثبطون، ومنهم من كان أبواقا للنظام البائد، وما زال يجلس على كرسيه، معتقدا أن الثورة ( لعب عيال)، وأنه لا يجب أن يصدق أي تغيير بمصر، وذلك – بالطبع – بناء على معلومات من جهات استخباراتية وأمنية. ومن العلماء من كان عند حسن الظن، فقاد الناس في ميدان التحرير، ومنهم من دعا الناس إلى الثبات على ما هم عليه من الحق، وتنبأ برحيل النظام، وقد كان. والمتابع لحركة العلماء ممن لهم مناصب رسمية، أو منزلة شعبية، فإنه يلحظ تفاوتا بين العلماء الرسميين والعلماء الشعبيين، فقد تغير غالب منطق العلماء الشعبيين، وانحازوا للثورة، وهم يسعون إلى الإصلاح ولو بدرجات متباينة. إن الدماء التي مازالت تسيل في ميادين مصر كلها دون إفتاء واضح بالتحريم والتجريم من الأزهر الشريف، ومن المواقف الباهتة من علماء غير رسميين ليتوجب على العلماء جميعا أن يقوموا بدورهم الواجب عليهم شرعا، وألا تكون بياناتهم وفتاويهم فتاوى سياسية، وأن يتجردوا لله تعالى في تلك اللحظات الفارقة في تاريخ الأمة المصرية كما يجب تحرير الشأن الديني في مصر وألا يكون مقتصرا على رجال بأعينهم، أو مؤسسة بعينها، فدين الله ليس حكرا على أشخاص أو مؤسسات بعينها، والواجب على العلماء في مصر أن يتحرروا من هذا القيد، وأن يشكلوا مجلسا للعلماء يقترح أن يسمى ( مجلس علماء الثورة المصرية)، ويكون من وظيفته ما يلي: 1- بيان حكم الله تعالى في الحوادث والمستجدات المتعلقة بالثورة من خلال إصدار الفتاوى والبيانات. 2- الفصل في النزاعات الفكرية بين المجلس العسكري ومعه الحكومة وبين الأحزاب والائتلافات. 3- أن يكون بمثابة مجلس الشورى فيما يخص أي رؤية شرعية لأي طرف، سواء من المجلس العسكري والحكومة أو من الثوار والشعب. 4- العمل على الحفاظ على مقدرات الثورة، والدعوة إلى الحفاظ على الوحدة الوطنية لمصر. 5- توجيه الأئمة والخطباء والدعاة بما يجب عليهم من توجيه الشعب تجاه بعض القضايا الحادثة . 6- قيادة الجموع الشعبية في المظاهرات والاعتصامات وغيرهما من الوسائل التي تضمن للثورة تحقيق أهدافها. 7- توجيه النصح والإرشاد لكافة الطوائف المصرية السياسية بما يضمن ترشيد سعيهم نحو العمل الوطني الجاد، وتحقيق مكتسبات الثورة المصرية. 8- أن يسعى مجلس علماء الثورة إلى نزع فتيل الفتنة الطائفية بين المسلمين والمسيحيين في مصر من خلال التواصل بين الطوائف وتعميق العمل السلمي، بالتعاون مع بيت العائلة برئاسة شيخ الأزهر. 9- الدعوة إلى الحفاظ على ممتلكات الثورة، وبيان التفرقة بين عمل المظاهرات والاعتصامات وبين الاعتداء على ممتلكات الدولة، وأن تلك الممتلكات لا تعود للمجلس العسكري ولا الحكومة، ولكنها ملك للشعب. 10- الدعوة إلى المحافظة على سلمية الثورة، وعدم خروجها عن الأخلاق السلمية التي شهد لها القاصي والداني. 11- أن يكون لمجلس علماء الثورة دور في ترشيح بعض العلماء في المناصب الدينية الرسمية في الدولة. 12- إعادة دور العلماء في إدارة أزمات الأمة، على منهج الحكمة والموعظة الحسنة.