قامت وزارة الأوقاف في الفترة الأخيرة بوضع خطة لمنع كتب الإخوان والسلفيين من المساجد، وذلك من خلال التفتيش الدعوي والإرشاد الديني وإدارة المكتبات بالوزارة، مؤكدة أنها محاولة منها لمحاربة الفكر المتطرف وحماية الشباب من بث أفكار العنف في عقول الشباب، وفي هذا الإطار صرحت الأوقاف بعدم محاربتها للعلم بأي شكل من الأشكال وإنما هي دعوة لمحاربة جميع الكتب الداعية للعنف أيًا كان توجه كاتبها. وقال الشيخ جابر طايع، وكيل وزارة الأوقاف، إن الأوقاف تقوم حاليًا بحملة على مستوى الجمهورية لفحص المساجد بشكل عام والموجودة في مناطق تجمع أعداد كبيرة من الإخوان بشكل خاص لمصادرة جميع الكتب المتعلقة بهم والتي تحمل معظمها أفكارًا إرهابية تحث على العنف، مشيرًا إلى أن هذا الحصر لم يقتصر فقط على الكتب وإنما تتم مصادرة التسجيلات والأسطوانات الخاصة بهم. وأكد طايع في تصريح خاص ل"المصريون" أن هذه الحملة أكدت محاصرة الإخوان والسلفيين بأفكارهم الإرهابية للشباب عبر كل الوسائل، مضيفًا أن الحصر والانتقاء شهد دولة داخل الدولة وهيمنة الفكر الإخواني على المساجد بشكل كبير، منوهًا بأن الأوقاف رصدت مواقع على الإنترنت للإخوان والسلفيين تبث أفكارهم المتطرفة وكل هذا سيصادر وسنغلق أمامهم كل الطرق والوسائل التي يسعون لتدمير الشباب بها. فيما قال د.محمود عبدالخالق، داعية بوزارة الأوقاف، إن الوزارة قامت بحصر واختيار بعض الكتب التي تدعو لفكر معين وتمنعها ولكنها لا تسعى بذلك لمحاربة علم سواء كان هذا العلم من شخص سلفي أو إخواني ولكنها سعت إلى إقصاء كتب معينة من المساجد؛ لأنها تحمل عنفًا أو تتوجه إلى فكر معين دون النظر إلى كاتب هذا الكتاب أو مؤلفه، فالأوقاف لم يُعرف عنها محاربة العلم بأي حال من الأحوال. وأكد عبدالخالق في تصريح خاص ل"المصريون" أن الأوقاف لم تطبق حتى الآن حظر أي كتاب سواء لسلفيين وإخوان أو غيرهم، لكن هناك توجهًا خلال الفترة القادمة بانتقاء كتب معينة ومنعها من المساجد، مشيرًا إلى أن مكتبات الأوقاف في المساجد لم تشتمل على كتب كبيرة أو مؤلفات ضخمة وإنما كلها كتيبات صغيرة وتمت مراجعتها جيدًا قبل وضعها في المساجد. من جانبه، أشار مختار نوح، الباحث في شئون الجماعات الإسلامية، إلى أننا قد علمنا بعزم وزارة الأوقاف على منع كتب معينة داخل المساجد، وأؤيد هذه الفكرة جيدًا؛ فهناك كتب وافق الأزهر على وجودها يجب أن تمنع، منوهًا بأن موافقات الأزهر في الفترة الماضية غير واقعية، فالأزهر لم يهتم بتصحيح المفاهيم ولكن الأوقاف من حقها منع الكتب التي تحوى على أخطاء. وأوضح نوح أن هناك كتب فقه قديمة وافق عليها الأزهر كان لابد من منعها لذا مبادرة الأوقاف مبادرة جيدة ليست على مستوى كتب السلفيين والإخوان فقط ولكن على مستوى جميع الفئات والمستويات.