ذكرت صحيفة "التليجراف" البريطانية أن ما سمتها "الاعتداءات الجنسية ضد المعتقلين سواء رجال أو نساء, داخل سجون مصر، فاقت بكثير عهد الرئيس المخلوع حسني مبارك". وأضافت الصحيفة في تقرير لها في 22 يناير أنه بعد الإطاحة بالرئيس المعزول محمد مرسي، اعتقلت السلطات الجديدة في مصر عشرات الآلاف من المعارضين, أغلبهم من الإسلاميين. ونقلت الصحيفة عن نيكولاس بيشاود من منظمة العفو الدولية، قوله :"إن سلاح الاغتصاب يتم استخدامه بشكل متزايد لمعاقبة المعتقلين في سجون مصر, سواء رجال أو نساء", واصفا هذا الأمر, بأنه "كارثي وله تداعيات خطيرة", فيما تنفي السلطات المصرية بشدة مثل هذا الأمر, كما تنفي وجود معتقلين بالسجون. وكانت منظمة "هيومان رايتس ووتش" الدولية لحقوق الإنسان, ومقرها نيويورك, ذكرت في تقرير نشرته في 21 يناير, أن عشرات المعتقلين في مصر لقوا حتفهم بالسجون العام الماضي بسبب تعرضهم للتعذيب أو نتيجة حبسهم في زنازين مكتظة، في حين اعتبرت وزارة الداخلية المصرية الاتهامات عارية من الصحة. وأضافت المنظمة أن السلطات المصرية لا تتخذ خطوات جادة لتحسين أوضاع السجون المكتظة بالمعتقلين، مشيرة إلى أن الأوضاع السيئة بالسجون تسببت في عدة حالات وفاة داخلها. وأرجعت "هيومان رايتس ووتش" أسباب وفاة المعتقلين إلى تعرض بعضهم للتعذيب أو "الإساءة البدنية", مشيرة إلى أن الكثيرين قضوا بفعل احتجازهم في زنازين شديدة الاكتظاظ، أو عدم حصولهم على الرعاية الطبية الكافية لأمراض خطيرة. وذكرت المنظمة الحقوقية أرقاما مختلفة بشأن حالات الوفيات بالسجون المصرية حيث بلغ عددهم -استنادا إلى منظمة مصرية معنية بحقوق الإنسان- 35 شخصا أثناء المائة اليوم الأولى لتولي الرئيس المصري عبد الفتاح السيسي السلطة، مشيرة في الوقت ذاته إلى ما نشرته صحيفة "الوطن" من أن عددهم بلغ تسعين شخصا وفقا لما اعتبرته أعدادا رسمية صادرة عن الحكومة. وقالت أيضا إنها وثقت تسع وفيات أثناء الاحتجاز منذ منتصف 2013 استناداً إلى أدلة قدمها أقارب الضحايا ومحاموهم، وشهادات طبية. ولفتت المنظمة إلى أن حملة الاعتقالات الموسعة التي استهدفت جماعة الإخوان المسلمين، الذين أعلنتهم الحكومة تنظيماً إرهابياً في ديسمبر 2013، وغيرهم من معارضي حكم السيسي أدت إلى الضغط على السجون المصرية، ودفع تدفق عشرات الآلاف من الأشخاص بالسلطات إلى إيواء العديد من المشتبه فيهم في مرافق احتجاز مؤقتة. ودعت "هيومان رايتس ووتش" السلطات المصرية إلى "التحقيق في حالات الوفاة أثناء الاحتجاز وملاحقة رجال الشرطة والمسئولين المشتبه في ارتكابهم للإهمال أو الانتهاكات، ومراجعة ممارسات الحبس الاحتياطي، مع استبعاده مبدئياً في جميع الحالات، وضمان الإفراج الفوري. وتعليقا على التقرير، أعرب الأمين العام للأمم المتحدة بان كي مون عن قلقه من الانتهاكات في السجون المصرية، ودعا السلطات للمعايير الدولية لحقوق الإنسان وفق ما صرح به نائب المتحدث الرسمي باسمه. ومن جهته، اعتبر مسئول أمني مصري أن الاتهامات الواردة بالتقرير عارية تماما من الصحة، ونقلت وكالة أنباء الأناضول عن اللواء أبو بكر عبد الكريم، مساعد وزير الداخلية لقطاع حقوق الإنسان، قوله إن "التقرير حوى معلومات غير دقيقة وغير موثقة، كما أن التوقيتات التي تصدر فيها المنظمة تقاريرها تثير الشكوك", ونفي وجود تعذيب في السجون.