نفى السفير رفاعة الطهطاوي، رئيس ديوان الرئاسة إبان حكم الرئيس المعزول محمد مرسي، انتمائه لجماعة الإخوان المسلمين، حسب محاميه. وقالت المحامية إيناس جوهر، عضو هيئة الدفاع عن الطهطاوي، في قضية "التخابر مع جهات أجنبية" والمتهم فيها مع الرئيس المعزول محمد مرسي و34 من قيادات الجماعة، إن موكلها ليس من الإخوان، وأنه لا يوجد أي دليل على انتمائه للجماعة، وبالتالي تسقط عنه تهمة "الانتماء لجماعة إرهابية". واستشهدت إيناس بتصريحات صحفية للقيادي في جماعة الإخوان سعد الكتاتني قال فيها إن الطهطاوي لا ينتمي للجماعة، وأن تعيينه كرئيس لديوان رئاسة الجمهورية فى عهد مرسى، كان لكفاءته وملفه الوظيفي المشرف. وتضم قضية التخابر 21 متهما محبوسين بصفة احتياطية على ذمة القضية، يتقدمهم مرسي وقيادات من جماعة الإخوان، على رأسهم المرشد العام للجماعة، محمد بديع، وعدد من نوابه وأعضاء مكتب إرشاد الجماعة، وكبار مستشاري مرسي، علاوة على 15 متهما آخرين هاربين أمرت النيابة بسرعة إلقاء القبض عليهم وتقديمهم للمحاكمة. وكان النائب العام المصري هشام بركات أحال في 18 ديسمبر 2014 المتهمين إلى المحاكمة بتهمة "التخابر" مع حركة المقاومة الإسلامية الفلسطينية (حماس)، وحزب الله اللبناني والحرس الثوري الإيراني لارتكاب "أعمال تخريبية وإرهابية" داخل البلاد، و"الانتماء لجماعة إرهابية".