عانى الدكتور سعد الدين إبراهيم، رئيس مجلس أمناء مركز "بن خلدون للدراسات الإنمائية" تحت حكم الرئيس الأسبق حسني مبارك، وكان مصيره السجن، لموقفه المعارض له آنذاك، وعلى الرغم من أنه أحد أبرز المؤيدين للسلطة الحالية، إلا أن أنصارها بدأوا في دق طبول الحرب ضده. لم يشفع لإبراهيم تصريحاته التي يوجه في عبارات المدح للرئيس عبدالفتاح السيسي، تصريحاته إلى فضائية "الجزيرة مباشر مصر"، التي سبه خلالها، ما استدعى لاحقًا قيامه بتقديم اعتذار نشره عبر إحدى الصحف الموالية للسلطة الحالية، بعد مطالبات بغلق مركزه الحقوقي إضافة إلى تزايد الدعاوى القضائية ضده من أنصار السيسي. وبدأت الأزمات في محاصرة إبراهيم بإعلان داليا زيادة، المدير التنفيذي لمركز "ابن خلدون" أمس استقالتها من منصبها، بعد ثلاث سنوات من توليه، مؤكدة أن سبب استقالتها هو رفضها لسياسية مؤسس المركز وإصراره علي مهاجمة السلطة الحالية و"ثورة 30يونيو" في حواراته التليفزيونية ومقالاته ودعواته المستمرة للمصالحة مع جماعة الإخوان. وعقب ذلك أقام المحامي سمير صبري، دعوى مستعجلة أمام محكمة القضاء الإداري، طالب فيها بإصدار حكم بسحب ترخيص وإغلاق مركز ابن خلدون للدراسات الإنمائية، الذي يديره الدكتور سعد الدين إبراهيم. وقالت الدعوى، إن "سعد الدين إبراهيم هو المأذون الذي وثق العلاقة بين جماعة الإخوان وأمريكا، وفور خروجه من السجن عام 2003 تلقى مكالمة تهنئة من عصام العريان (نائب رئيس حزب الحرية والعدالة، المحبوس حاليًا)، طالبه فيها بضرورة تنظيم لقاءات بين قيادات الجماعة وعدد من الدبلوماسيين في الغرب". فيما انتقد "اتحاد نواب مصر"، الذي يضم 17 برلمانيًا سابقًا، تصريحات رئيس مجلس أمناء مركز "ابن خلدون" للدراسات الإنمائية، حول وجود معتقلين ومحتجزين داخل السجون المصرية دون توجيه تهم لهم. ورفض ياسر القاضي، الأمين العام لاتحاد نواب مصر، الاتهامات التي يوجهها سعدالدين إبراهيم للدولة المصرية، مؤكدًا أن تلك الاتهامات تأتي بتوجيهات وتعليمات من جهات أجنبية. وقال القاضي في تصريحات صحفية، إن رئيس مركز "ابن خلدون" تربطه مصالح مع الولاياتالمتحدة والاتحاد الأوروبي وقطر، مشيرًا إلى أن تحركه الآن على الساحة السياسية، بعد تلقيه إشارة بدء لعب الدور الموكل إليه. وأضاف القاضي، "مصر تمر الآن بمرحلة خطيرة وهو لا يُقدر ذلك"، مؤكدًا أن مركز "ابن خلدون" يعمل على تزييف الحقائق داخل المجتمع المصري، وعلى تفكك الجبهة المصرية الداخلية، بما ينشره من تقارير منافية للواقع. وطالب الأمين العام للاتحاد، الحكومة المصرية ب "غلق مركز بن خلدون، وكافة المراكز الحقوقية التي تخرج عن حدود ما تقتضيه المرحلة الحالية والمصلحة العليا للبلاد، مشيرًا إلى أن بعض تلك المراكز تتلقى تمويلات أجنبية وتقوم بإرسال تقارير إلى جهات خارجية، تقع تحت بند الجاسوسة". وأكد أن هذه المراكز غير مستقلة، لأن لها التزامات مادية تأتيها من الخارج، وبذلك تنفي عنها استقلالها، وشدد قائلًا، "لا يمكن أن ننسى علاقة مؤسس مركز ابن خلدون بالقيادة السياسية القطرية، والتي تعد الراعي الأكبر للإرهاب".