تباينت ردود الأفعال حول المقال الذي نشره الناشط القبطي مجدي خليل ، في صحيفة " المصريون قبل يومين ، وألمح فيه إلى دور البابا شنودة في دعم وتأسيس"المهجر القبطي" باعتباره قوة مساندة ماليا وسياسيا للكنيسة المصرية ،وهو ما اعتبره البعض اساءة للبابا شنوده واتهامه بطرف خفي بالاستقواء بأقباط المهجر واستخدامهم كأداة ضغط على النظام لإجباره على تقديم تنازلات للأقباط في عدد من الملفات ، وهو الاتهام الذي نفاه البابا شنودة أكثر من مرة وفيما أيد البعض ما جاء بالمقال واعتبره أمرا واقعا ، مشيرا إلى وجود تحالف استراتيجي بين الطرفين لخدمة مصالح الشعب القبطي سياسيا وماليا ، تحفظت مصادر أخري على ما المح إليه خليل في سياق ثناءه على جهود البابا شنودة معتبرة أنها ربما تكون قد جاءت في سياق خلافات غير معلنة بين خليل ورأس الكنيسة الأرثوذكسية. ونفت مصادر مقربة من الكنيسة المصرية وجود أي نوع من التنسيق في السياسات بين البابا وشنودة وأقباط المهجر ، مشددة على وجود خلافات عديدة بين أقباط المهجر والبابا بسبب رفضه لاستغلال ملف الأقباط لإلحاق الضرر بمصلحة مصر وهو ما يشعل الخلافات كثيرا بين الطرفين . لكن المفكر القبطي المعروف جمال أسعد عبد الملاك أكد أن البابا شنودة كان مسئولا في البداية عن إنشاء كنائس تابعة للكنيسة القبطية المصرية في الخارج ومنها الولاياتالمتحدة بالطبع وهم مصريون مهاجرون خاضعين للكنيسة المصرية روحيا ، مشيرا إلى أنهم كانوا يتظاهرون أمام البيت الأبيض أيام حكم الرئيس الراحل أنور السادات عند زيارته للولايات المتحدة فما كان من البابا شنودة إلا أن يرسل مندوبين عنه يحثهم على استقبال الرئيس السادات استقبالا حسنا وبذلك كان البابا شنودة يستخدمهم كورقة ضغط علي السادات بحسب رأي عبد الملاك . مضيفا :وقد واستمر هذا الوضع حتى عهد الرئيس مبارك ولكن أقباط المهجر أخذوا منحنا أخر عقب انتهاء الحرب الباردة بين أمريكيا والاتحاد السوفيتي السابق وتفرد أمريكا بالساحة الدولية وكذلك تفجيرات الحادي عشر من سبتمبر ومحاولات الإدارة الأمريكية ربط الإرهاب والتطرف بالإسلام ، فاستخدمتهم الإدارة الأمريكية كورقة ضغط للتدخل في شئون مصر والشرق الأوسط. ولفت أسعد إلى أن خلاف البابا مع أقباط المهجر حول بعض القضايا يعكس نوعا من الازدواجية ففي واقع الأمر هناك صلات قوية بين عدد من أقباط الداخل والكنيسة من ناحية وأقباط المهجر من ناحية أخري ، مشددا على أن تمويل أقباط المهجر للكنيسة المصرية هو أمر صحيح وواقع ، مدللا على ذلك بأن الكنيسة المصرية كانت فقيرة في عهد البابا كيرلس لدرجة أنها كانت تعجز عن دفع رواتب العاملين في الديوان البطريركي أما الآن فالكنسية المصرية أصبحت من أغني الكنائس. من جانبه ، اختلف المستشار نجيب جبرائيل الناشط القبطي ورئيس الاتحاد المصري لحقوق الإنسان مع الرأي السابق ، مؤكدا أن البابا مسئول عن تكوين أقباط المهجر روحيا وكنسيا فقط وليس سياسيا وأن الحديث عن علاقة البابا بهم سياسيا هو أمر يخالف الواقع تماما لأن البابا شنودة لا يتدخل في السياسة. وعن تمويل أقباط المهجر للكنيسة ، نفى جبرائيل هذا بشدة ، مشددا على أن الكنيسة المصرية لها مواردها الخاصة البعيدة عن أي تمويل خارجي ، وإن كان هناك عددا من أقباط المهجر يساهم في دعمها ماديا فإنهم يفعلون ذلك بدافع أنهم أبناء الكنيسة وليس لهم هيئة مستقلة عنها. من جانبه ، وصف القس مينا ظريف راعي أبراشية العمرانية ماورد في مقال مجدي خيل بأنه تضليل وخلط للأوراق ، نافيا إمكانية أن تستغل الكنيسة الأرثوذكسية أقباط المهجر لممارسة ضغوط على النظام المصري أو السعي لانتزاع تنازلات لصالح الأقباط. وأوضح ظريف أن استغلال أقباط المهجر لإغراض سياسية يخالف تعاليم الكتاب الخولاجي المقدس الذي يأخذ منه المسيحيون التعاليم والصلوات التي تبدأ دائما بالدعاء والتوفيق لرئيس الجمهورية والحكومة بما يخدم مصالح الوطن والشعب القبطي وليس للتآمر عليه أو استعداء جهات خارجية عليه ، مشددا على أن الكنسية لا تهتم بالسياسة وتكرس نشاطها للدور الديني والروحي. ولم ينف ظريف وجود دعم مالي من أقباط المهجر للكنيسة على شكل تبرعات أو هبات لدعم فقراء الشعب القبطي وأمور التعمير والخدمة إلا أن هذه الأمور لا توظف سياسيا ولا تستغل للاستقواء بها في مواجهة النظام. ورفض راعي أبراشية العمرانية ما أشار اليه خليل جملة وتفصيلا مشيرا إلى انه لا يوجد تنسيق سياسي بين أقباط المهجر وبين الكنيسة المصرية من قريب أو بعيد.