تباينت آراء عدد من القيادات والمفكرين الأقباط حول ما يتردد عن علاقة البابا شنودة بابا الإسكندرية مع أقباط المهجر، ووقوفه خلف المظاهرات التي ينظمونها في الولاياتالمتحدة ضد مصر، بهدف الضغط على القيادة السياسية لتقديم تنازلات فيما يخص حقوق الأقباط في مصر. واتهم الناشط القبطي جمال أسعد عبد الملاك البابا بالازدواجية في المواقف تجاه أقباط المهجر والتي تعكسها تصريحاته الرسمية؛ فهو يعلن من جانب رفضه لتدخلهم في الشئون الكنسية، بينما يبارك تدخلهم بشكل غير مباشر في قضايا أخرى ويبرر تصرفاتهم ، بالرغم من أنهم تربوا في بيئات ديمقراطية تختلف عن المجتمع المصري. وأشار إلى أن هناك حالة خلط تحكم موقف البابا من أقباط المهجر وثنائه في خطابه عليهم ؛ لأنه حين يؤيدهم يتدخل في السياسية ويخالف الدور الروحي للكنيسة التي لا ينبغي عليها التدخل في السياسة أو الانحياز لطرف دون الآخر من أقباط المهجر، مطالبًا البابا بإصدار صريح حول موقفه من أقباط المهجر ، حتى يوقف الاتهامات باستخدام أقباط المهجر كورقة لانتزاع تنازلات من النظام. من جهته، رفض ممدوح نخلة المحامي والناشط القبطي القول بوجود علاقة بين البابا وأقباط المهجر ، أو وقوفه خلف المظاهرات التي ينظمها هؤلاء الأقباط، مؤكدًا أن البابا مرصود أمنيًا لكونه شخصية عامة في المجتمع ، وأي تصرف كهذا لابد أن تعلم به كافة الأجهزة الأمنية. وأشار إلى أن رفض البابا القاطع لأية تدخلات أجنبية وخارجية وتمسكه بعدد من الثوابت الوطنية مثل رفض حج المسيحيين للقدس إلا بعد تحريرها من الإسرائيليين يبعد أي شبهة وقوف للبابا خلف هذه المظاهرات. واعترف نخلة بتلقي الكنيسة المصرية أموالاً من أقباط المهجر، مؤكدا أنها عبارة عن تبرعات فردية وليست مؤسسية ، وأنها لا تضر بمواقف الكنيسة من القضايا الوطنية. أما المستشار نجيب جبرائيل الناشط القبطي ورئيس منظمة الاتحاد المصري لحقوق الإنسان، فقد نفى بدوه وجود دور للبابا في تنظيم هذه المظاهرات، مؤكدًا أنه لا يتدخل في السياسية ويرفض أي تدخل أجنبي في شئون مصر ويعلن ذلك في العديد من المناسبات المختلفة . وأضاف أن البابا يري أن حل مشكلة الأقباط لا بد أن يتم في ظل أرضية مشتركة بعيدًا عن التدخلات الأجنبية ، لأنه ينأى بنفسه عن ذلك.