جاءت عملية القبض على محمد الطاهر، أمير "الجماعة الإسلامية" بمنطقة القناة لتفاقم من حالة التوتر بين الجماعة والدولة، ويصعد من لهيب الأجواء المشتعلة بين الطرفين، بعد القبض على قيادات الجماعة وحزبها "البناء والتنمية" خلال الفترة الأخيرة، وهم: الدكتور نصر عبدالسلام، القائم بأعمال رئيس الحزب، والسيد بدير أمير الجماعة بأسيوط، ومطاردة علاء أبوالنصر، الأمين العام للحزب، وطه الشريف، المتحدث الرسمي باسم الحزب. ويعتقد على نطاق واسع داخل الجماعة، أن الهدف من التصعيد الأمني من جانب الدولة ضد الجماعة التي انخرطت قبل سنوات في مبادرة لوقف العنف، هو الضغط عليها من أجل الانسحاب من "التحالف الوطني لدعم الشرعية"، والاعتراف بالعملية السياسية، والمشاركة في انتخابات مجلس النواب القادمة، ونفض يد الجماعة من أي تحالف مع "الإخوان". ويري سمير العركي القيادي في "الجماعة الإسلامية"، أن احتجاز سلطات المطار للقيادي في الجماعة محمد الطاهر يأتي في إطار الضغوط التي تمارسها الدولة على الجماعة للانضمام للعملية السياسية والاعتراف ب "خارطة الطريق".
وأوضح أن القبض على الطاهر ومن قبله الدكتور نصر عبدالسلام القائم بأعمال رئيس حزب "البناء والتنمية"، والشيخ السيد بدير أمير الجماعة بأسيوط ومطاردة علاء أبوالنصر، الأمين العام للحزب، وطه الشريف، المتحدث باسم الحزب يأتي في إطار ضغوط تمارسها السلطة على الجماعة للانسحاب من "التحالف الوطني لدعم الشرعية"، والاعتراف بكل ماجرى منذ الثالث من يوليو. ولم يستبعد العركي أن يكون التصعيد الأمني ضد الجماعة هدفه دفعها لخوض انتخابات مجلس النواب القادمة، في ظل رغبة السلطة في وجود حزب إسلامي قوي في البرلمان بشكل بضعف التحالف المعارض ل "خارطة الطريق". من جانبه، أكد المهندس أسامة حافظ، نائب رئيس مجلس شورى "الجماعة الإسلامية"، أن ما يحدث من ملاحقات لأبناء الجماعة وقادتها هو أمر طبيعي وليس وليد اللحظة الراهنة، فمنذ 3 يوليو 2013 وهناك مطلوبون من الجماعة لدى الجهات الأمنية. وأضاف أن "الجماعة وذراعها السياسي مكون أساسي في التحالف الوطني لدعم الشرعية، والذي بات ضميرًا وطنيًا للطامحين للحرية، والذين ما زالوا مستمرين لأكثر من عام يقدمون أرواحهم في سبيل نيل حريتهم"، معتبرًا أن "ما يثار بين الحين والآخر عن محاولات لزعزعة التحالف الوطني غير صحيح، وأن الجماعة الإسلامية مستمرة في التحالف الوطني وأنها لن تترك دماء الشهداء". وأعرب حافظ عن استيائه من ملاحقة قادة "الجماعة الإسلامية"، والتي وصفها ب "الاستفزازية"، وطالت قيادات الجماعة السلميين وعلى رأسهم الدكتور نصر عبدالسلام وغيره من قيادات التحالف "الذين باتوا صمام أمان لغضب الشباب الجامح، والذي بات على حافة الانفجار". وتساءل حافظ: "ما الذي تكسبه القوات الأمنية من القبض على دعاة السلمية، سواء من الجماعة أو غيرها"؟