أكد الدكتور ميلاد حنا أنه أخطأ في حواره مع صحيفة "المصري اليوم" مؤخرا عندما قال إن عصر الأديان قد أنتهي ، مشيرا إلى أنه كان يقصد أن عصر سيطرة الأديان على السياسة قد انتهى لان الأديان لم ولن تنتهي فهي موجودة وقائمة بنفوذها الاجتماعي والقيمي والأخلاقي . وأضاف حنا أن المسيحية كانت تسيطر على أوروبا في العصور الوسطي واستطاعت أوروبا التخلص من هذه السيطرة ولان الإسلام سيطر على عدد من دول الشرق الأوسط وعلى رأسها إيران والمملكة العربية السعودية. وقال د. حنا ، في تصريحات خاصة ل " المصريون " ، انه يؤمن بان الإسلام دين ودولة وان هناك نصوصا كثيرة في الشريعة الإسلامية تنظم أمور الحياة بخلاف المسيحية التي لا تحتوي على نصوص تشريعية فهي فكر مطلقة تدعو إلى قيم المحبة والمساواة والإخاء ولا تشتمل نصوص صريحة عن الحياة والدولة ، ولم تؤسس الديانة المسيحية دولة مثلما فعل الإسلام ولكني ارفض الحكم الديني وارفض وجود مادة في الدستور المصري تقول إن الشريعة الإسلامية مصدر رئيسي للتشريع ليس بصفتي قبطي ولكن بوصفي مفكر علماني مودرن وهذه وجهة نظري. وأكد حنا تصريحاته السابقة عن أن تطبيق الشريعة الإسلامية سيجعل الأقباط مواطنين من الدرجة الثانية ، متسائلا : إذا جاز أن تطبق الشريعة على المسلمين فكيف نطبقها على الأقباط وهل يجوز أن يطالب الأقباط بان تحكم المسيحية أو أن تكون مصدر من مصادر التشريع. وأشار إلى انه يحب جماعة الإخوان المسلمون ويقبل أي دعوى منهم لحضور مناسباتهم وعلى رأسها حفل إفطار شهر رمضان ، ولكني ارفض أن تصل الجماعة إلى الحكم لأني ارفض الحكم الديني.