تساءل الدفاع فى بداية مرافعته بقضية "أحداث مسجد الاستقامة": هل تحولت جماعة الإخوان من جماعة لها وزراء ورئيس إلى جماعة إرهابية؟ ونحن أمام القضاء ليس لنا إلا ضميركم وعدلكم. وقدم مجموعة من الدفوع القانونية، وهى الدفع بعدم ولاية المحكمة وبطلانها لنظر الدعوى متعلقًا بالنظام العام لوقوعه لمخالفة القانون والدفع بطلان التحقيقات، وأيضًا دفع بطلان وانعدام التحريات، وكذلك بطلان شهادة الضباط، وبطلان القبض والتفتيش ودفع استحالة تصور الواقعة على النحو الوارد بالأوراق وعلى الصورة التى رواها شهود الإثبات ومجرى التحريات والدفاع يتمسك بإجراء معاينة لمسرح الأحداث والدفع بانتفاء أركان جريمة التجمهر وانتفاء المسؤولية التضامنية، بالإضافة إلى انتفاء القصد الجنائي في جريمة التجمهر، وأيضًا انتفاء جريمة أركان القتل العمد مع سبق الإصرار والشروع فيه وانتفاء القصد الجنائي الخاص بنية إزهاق الروح وانتفاء ظرف سبق الإصرار عن أوراق الدعوى وانتفاء جريمة الترويع واستعراض القوة وانتفاء جريمة التخريب العمدى لنقطتى المرور والشرطة العسكرية والدفع بعدم دستورية بعض نصوص المواد.