أصدرت كنائس مصر، تعليمات مشددة للأقباط بعدم المشاركة في المظاهرات المقررة غدًا، بدعوى أنها ضد استقرار مصر، في الوقت الذي تري فيه قيادات الكنيسة أن الأقباط حصلوا على مكاسب خلال العهد الحالي لم يحصلوا عليها في عهد أي رئيس سابق. وقال الأنبا مرقس، أسقف شبرا الخيمة، "نحن لا نعرف هدف تلك المظاهرات ولا حتى تفاصيلها، ونرفض فكر "التخريب" بشكل عام، ولن يشارك أبناؤنا في هذا الأمر". ودعا القمص عبد المسيح بسيط كاهن كنيسة العذراء بمسطرد مسيحيي مصر وبلاد المهجر "للاعتكاف يوم 25 يناير للصلاة في الكنائس أو المنازل ليحفظ الله مصر وشعبها وعدم المشاركة في مظاهرات الغد لعدم تكرار ما حدث في تونس". وزعم أن تظاهرة الغد يقف وراءها "الإخوان المسلمون" والجماعات السلفية الذي "يريدون إحداث شغب مثلما حدث في تونس وسيعقبها فوضى وهيجان ونهب لممتلكات الأقباط؛ لذا فمن باب أولى للأقباط الصلاة والصوم في هذا اليوم من أجل سلامة مصر, وإن كنا نطالب في هذا العهد بمطالب ففي عهدهم لن نستطيع فتح أفواهنا". وقال الدكتور أندريا زكي، نائب رئيس الطائفة الإنجيلية "نرفض تلك الدعوات ولا نوافق على خروج أولادنا لتظاهرة الثلاثاء، لأنها ضد النظام وتهدف لزعزعة الاستقرار الداخلي لمصر في ظل القيادة الحكيمة للرئيس مبارك". وشاطره الرأي الأب رفيق جريش المتحدث باسم الكنيسة الكاثوليكية، قائلا "نرفض تلك المظاهرة ولا نقبل الخروج على الحاكم إطلاقًا، ونرفض تمامًا الانخراط في تلك الأعمال التي لن تجدي تمامًا، فلا يمكن السماح بالخروج على الحاكم أيا ما كان السبب، ربما نناقشه أو نتحاور منه لكنه "ولي الأمر" ونحن مأمورون بطاعته ونصلي من أجله حتى يوفقه الرب في كل خطواته المباركة التي نؤيدها دائما". من جانبه، قال الدكتور القس بطرس فلتاؤس رئيس الطائفة المعمدانية الأولى في بيان إن الكنيسة المعمدانية الكتابية الأولي في مصر ترفض المشاركة فى مظاهرات 25 يناير التي تدعو إليها بعض الحركات السياسية، لأن "الأقباط لديهم فكر مسيحي تابع للكتاب المقدس الذي يقول: "صلوا من أجل الرؤساء والسلاطين لكي نعيش حياة هادئة مطمئنة"، فالكتاب المقدس يطالب بعدم مقاومة السلطات". وأضاف فلتاؤس: "إننا نطالب بالإصلاح فى كافة الأمور الاقتصادية وإيجاد حلول لمشاكل المواطن المصري بشكل عام وسرعة إصدار القانون الموحد لبناء دور العبادة، وذلك بالطرق الشرعية، وليس بإشاعة الفوضى التي تخالف تعاليم الكتاب المقدس كما أن كنائسنا لا تتدخل فى الأمور السياسية، فالكنيسة لها دور روحي وليس لنا هدفاً سياسياً ونحن نصلى أن تكون مصر أفضل بلد". مع ذلك، أعلن عدد كبير من الأقباط مشاركتهم في مظاهرة 25 يناير على الرغم من تنبيه الكنيسة لهم بعدم الخروج والمشاركة في التظاهر، ومن بين هؤلاء عدد كبير من الأقباط بحي شبرا الذي يسكنه عدد كبير من الأقباط. وأعلن أيضا عدد من النشطاء الأقباط على موقع التواصل الاجتماعي "فيسبوك أنهم سيشاركون في مظاهرة الثلاثاء، على الرغم من طلب الكنيسة للأقباط عدم المشاركة مطالبين الكنيسة بالابتعاد عن السياسة وعدم التدخل في القضايا المصيرية.