أعربت جماعة "الإخوان المسلمين" عن تأييدها لموقف الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر برفض دعوة بابا الفاتيكان الذي طالب فيها بحماية دولية لمسيحيي مصر، في أعقاب حادث تفجير كنيسة القديسين بالإسكندرية. وقال "الإخوان" إن "مسيحيي مصر ليسوا بحاجةٍ لحمايةٍ دوليةٍ؛ لأنهم جزء من نسيج المجتمع المصري، وإن ما أصابهم أصاب المسلمين أيضًا"، ورأوا أن دعوة البابا "هو مخطط واضح لإحداث الفتن والأزمات داخل مصر، ودعوة صريحة للاستقواء بالخارج، وهو ما يرفضه أبناء الشعب المصري مسلمين ومسيحيين". وجدد "الإخوان" إدانتهم القاطعة لما وصفته ب "لعمل الإجرامي الذي شهدته محافظة الإسكندرية أمام كنيسة القديسين"، مؤكدين أن الإسلام وكافة الأديان السماوية الأخرى ضد قتل الأبرياء وتهديد أمنهم، وطالبوناكافة الجهات المعنية بالعمل الحثيث على تجاوز هذه الأزمة بما يحفظ لمصر وحدتها ويضمن عدم تكرار مثل هذه الجرائم. وأشارت الجماعة فى رسالتها الأسبوعية إلى أن مثل هذه الحوادث تهدف لزعزعة الأمن القومي المصري وعلى النظام الحاكم أن يعيد حساباته مع قوى الشعب الحرة والوقوف صفًّا واحدًا للخروج بمصر من أزماتها المتعددة، من خلال إصلاح الأوضاع السياسية والاجتماعية والاقتصادية. ودعا "الإخوان" كل مسلمي مصر إلى تفعيل التعاليم الإسلامية السمحة في البر والقسط والعدل للمسيحيين في التعاملات اليومية وعدم الانسياق وراء فتاوى متشددة تكرس التعصب والفتنة بين أبناء الوطن الواحد، كما دعوا المسيحيين وبخاصة الشباب الغاضب منهم بالتحلي بضبط النفس وعدم الانسياق وراء دعوات متعصبة من هنا أو هناك لا تخدم مصلحة الوطن والمواطنين على حدٍ سواء.