اتهمت الكنيسة، لجنة الخمسين المكلفة تعديل دستور 2012 بمحاباة الأزهر والسلفيين في الإبقاء على مواد الهوية، دون مراعاة لمشاعر الأقباط الذين قالت إنهم تحملوا الكثير على مدى عقود، وتحملوا أكثر من الكل ما بعد ثورة 30 يونيو. وانتقد الأنبا بولا، ممثل الكنيسة ب "الخمسين" في مذكرة تقدم بها إلى رئيس اللجنة عمرو موسى، إلغاء عبارة "مدنية" من المادة الأولى بالدستور، وعدم استبدال عبارة "المسيحيين واليهود" في المادة الثالثة بعبارة "غير المسلمين"، إضافة فقرة معدلة للأزهر لم تكن أصلاً موجودة في تقرير لجنة الخبراء مأخوذة عن دستور 2012 تغليبا لرأي ممثلي الأزهر فقط، على حد قوله. وأشار إلى أن المادة الأولى أضيفت إليها كلمة "مدنية" لتصبح العبارة (جمهورية دولة مدنية ذات سيادة) وكان التصويت لصالح إضافة كلمة "مدنية" ب 10 إلى 3 أى جميع أعضاء اللجنة مقابل ممثلى الأزهر والسلفيين. أما المادة الثالثة، فقد صوت 10 أعضاء مقابل 4 (ممثلى الأزهر والسلفيين) لصالح عبارة "غير المسلمين" بدلا من "اليهود والمسيحيين"، بحسب الأنبا بولا، الذي استدرك قائلاً: "على المستوى الشخصي كنت قد قدمت رأيي مكتوبًا من قبل يتضمن عبارة "اليهود والمسيحيين" ولكنني تنازلت عن هذا الرأي توافقا مع رأى الغالبية". كما اعترض ممثل الكنيسة ب "الخمسين" على الإبقاء على مرجعية الأزهر، قائلاً إن المستشار محمد عبالسلام مقرر لجنة المقومات وممثل الأزهر، حاول إضافة الفقرة الخاصة بمرجعية الأزهر نقلا عن دستور 2012، غير الموجودة فى مشروع لجنة الخبراء، وهنا تم التصويت 10 إلى 3 (ممثلى الأزهر فقط لغياب ممثل السلفيين) لصالح رفض إضافة هذه الفقرة بأي صيغة للمادة. وتابع: "فوجئنا فى مساء الجمعة 1/11 بوصول التقرير النهائي من لجنة الصياغة والذي تم دراسته فى لجنة الخمسين والخاص بمواد لجنة الدولة والمقومات متضمنا ما يسمى بمواد الهوية وفقا لرؤية الطرف الآخر قبل عرضه علينا كطرف ثان فى التوافق ورأينا فى ذلك نوعا من فرض الأمر الواقع، وربما كنتم حسنى النية، ربما لضيق الوقت وربما لتصوركم أننا لن نعترض على شيء". واستطرد ممثل الكنيسة ب "الخمسين" قائلاً: فيما يخص مواد الهوية لاحظنا الآتي: إلغاء عبارة "مدنية" تغليبا لرأى الأربعة على العشرة، 2- تعديل لعبارة "غير المسلمين" بعبارة "المسيحيين واليهود"، وإضافة فقرة معدلة للأزهر لم تكن أصلا موجودة فى تقرير لجنة الخبراء مأخوذة عن دستور 2012 تغليبا لرأى ممثلى الأزهر فقط بالرغم من رفض جميع أعضاء اللجنة بمن فيهم ممثلو الكنائس. وانتقد الأنبا بولا، مقرر لجنة المقومات أثناء عرضه لمواد شديدة الحساسية (مواد الهوية)، من خلال سرعة العرض وسرعة الإقرار دون النظر لرافعي اليد من ممثلى الكنائس، وهو الأمر الذي قال إنه دفعه إلى الرغبة بعدم إكمال الجلسة، كما جاء في رسالته إلى رئيس اللجنة، إلا أنه "لم يمنعني من الخروج سوى محبتكم ومحبة الكثيرين الذين التفوا حولي لمنعي من الخروج"، ولكن ما هي الفائدة من رجوعي!! فقلد تم تغليب الرأي السلفي على دستور مصر حسب رؤيتي الخاصة". واستنكر ممثل الكنيسة ما نشر عن اتفاق بين الأزهر والسلفيين لنص بديل للمادة 219 يتم وضعه فى الديباجة، وهو الاتفاق الذي قال إنه "جاء قبل الرجوع إلينا فلابد من إرضاء السلفيين دون مراعاة للشارع القبطي ودون النظر للتأثير السلبي لهذا النص على المسيحيين فى مصر". وختم الأنبا بولا رسالته لرئيس لجنة الخمسين بطلبه إلغاء أى تفسير لكلمة مبادئ الشريعة الإسلامية بما فى ذلك الديباجة أو الالتزام نصا بما ورد فى النصوص السابق ذكرها لأحكام المحكمة الدستورية.