أثار وفد من رهبان دير أبو مقار خلال اجتماع مع البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية، بطريرك الكرازة المرقسية صباح الثلاثاء، مسألة عدم تعيين للدير رغم مضي أكثر من عام على استقالة الأنبا ميخائيل في مارس 2009، معبرين له عن رفضهم اختيار راهب من خارج الدير لشغل هذا المنصب. وكان البابا شنودة تجاهل تعيين رئيس جديد في المنصب الشاغر على الرغم من وعوده بسرعة تعيينه، أثناء استقباله خمسين راهبًا من رهبان دير أبو مقار في مايو الماضي، قبيل أيام قليلة من عيد العنصرة الماضي، تعهد لهم خلاله بأن يتم حسم اختيار رئيس له خلال الاحتفال بالعيد. وطالب الرهبان خلال اللقاء عدم إسناد مهمة الإشراف على الدير لأي أسقف كنائب بابوي، وأشاروا تحديدًا إلى الأنبا بيشوي سكرتير المجمع المقدس، وطالبوه بعقد انتخابات بين المرشحين علي رئاسة الدير سريعًا لأنهم لن يقبلوا بأي "دخيل" توكل إليه رئاسة الدير، وقد وعدهم البابا ببحث الأمر. ورهبان دير أبي مقار البالغ عددهم 110 رهبانًا يختلفون كلية عن رهبان الأديرة الأخرى، حيث يتمتعون باستقلال نسبي، ويتمتعون بوضعية خاصة، باعتبارهم تلاميذ الأب متى المسكين مفجر النهضة الكنيسة. ويعتبر الدير الذي تتجاوز مساحته ثلاثة آلاف فدان من أغني الأديرة في مصر، حيث توجد مزرعة للدواجن تنتج يوميًا 4000 آلاف بيضة، ويتم زرع 80 فدانًا، علاوة علي وجود مصنع ضخم لصناعة العجوة ومشتقات البلح يعتبر المصدر الرئيس "لبلح رمضان"، فضلاً عن زراعة 100 فدان زيتون، والآلاف من رؤوس الأبقار والعجول. ويستطيع الدير تحقيق "الاكتفاء الذاتي" بنفسه بعيدًا عن الكنيسة تمامًا، فضلاً عن توفيره لحوالي 400 ألف جنيه كأرباح صافية شهرية.
