قال اللواء سامح سيف اليزل، مدير مركز الجمهورية للدراسات السياسية والاستراتيجية، إن "الرئيس المعزول محمد مرسي كان يعد العدة في الأشهر الأخيرة من حكمه للإطاحة بالفريق أول عبد الفتاح السيسي، والفريق صدقي صبحي، رئيس أركان حرب القوات المسلحة، بإيعاز من مكتب إرشاد جماعة الإخوان المسلمين، التي كانت تصر على هذا الموقف، بسبب الخلافات العميقة". ونقلت وكالة «أسوشيتد برس» الأمريكية عن مصادر قولها إن "مرسي لم يظهر نواياه الحقيقية حتى الأول من يوليو الحالي، بعد مظاهرات 30 يونيو الحاشدة ضده، عندما أعطى قائد الجيش مهلة للرئيس 48 ساعة لإيجاد حل مع معارضيه أو أن الجيش سوف يتدخل". وأوضحت المصادر أن "مرسي أبلغ اللواء أحمد وصفي، قائد الجيش الثاني الميداني، ومقره منطقة قناة السويس، في محادثات سرية، برغبته في إحلاله محل السيسي، لكن وصفي رفض ذلك وأبلغ السيسي بهذه المكالمة". غير أن اللواء سيف اليزل نفى هذه المعلومات ، مؤكدا أن «الحديث عن رغبة الرئيس السابق في تعيين وصفي محل السيسي أمر غير صحيح، وفي كل الأحوال فإن وصفي لم يكن ليقبل إطلاقا»، مؤكدا قوة وتماسك المؤسسة العسكرية المصرية. وقال اليزل ل"الشرق الأوسط" إن "رفض الرئيس السابق الكشف عن المتهمين في هذا الحادث ومعاقبتهم كان سببا رئيسا في خلاف الجيش معه"، متوقعا أن تعلن القوات المسلحة تفاصيل هذا الأمر قريبا، بالإضافة إلى رفضه (مرسي) الحملات الأمنية لتعقب الجهاديين وهدم الأنفاق مع غزة، التي يتم تهريب الأسلحة ودخول المسلحين إلى مصر منها للعبث بأمن سيناء، وأيضا القبض على خاطفي الجنود المصريين السبعة بسيناء في مايو الماضي، على حد قوله. وقال مسئولون إن "الجيش حدد نشطاء في غزة شاركوا في مقتل ال16 جنديا، لكن مرسي رفض طلب السيسي من حماس تسليمهم للمحاكمة، ونفت حماس مرارا أي دور لها في عمليات القتل".