أثار دفاع عدد من رموز جماعة "الجهاد" على رأسهم الشيخ أسامة قاسم، مفتي الجماعة، والمهندس محمد الظواهري، والشيخ مرجان سالم عن خاطفي الجنود السبعة، والتماس بعض الجهاديين العذر لهم، انقسامًا في أوساط الجماعة، ففيما هاجم.. البعض الخاطفين إلى حد اتهامهم بالعمالة للمخابرات الإسرائيلية "الموساد"، حمل البعض الآخر أجهزة الدولة المسئولية عن ذلك في ظل ما وصفوه ب "القمع الذي تعرض له السيناويون" على مدار أكثر من 30 عامًا. وقال الدكتور أنور عكاشة، القيادي الجهادي البارز: "لقد أشعرني دفاع عدد من رموز جماعة الجهاد عن الخاطفين ومطالبتهم بحسن معاملتهم والتماس الأعذار لهم أن الخاطفين ينتمون لجماعة الجهاد وهذا ما يخالف الواقع جملة وتفصيلا". وأضاف: "الخاطفون لا يمكن أن يكونوا جهاديين ولا يمكن أن تكون عملية اختطاف الجنود لإعلاء راية الإسلام، بل إنني أكاد أجزم أن هؤلاء عملاء ل "الموساد" ( المخابرات الإسرائيلية) يستخدمهم للنيل من أمن مصر واستقرارها تنفيذًا لأجندات مشبوهة". واعتبر عكاشة، أن حالة الفراغ الأمني في شبه جزيرة سيناء هي السبب في تحول تلك المنطقة الإستراتيجية إلى معقل لأنشطة أجهزة الاستخبارات الدولية، كما حدث بالصومال وغيرها من الدول، الأمر الذي يجب أن يحظي باهتمام من الرئيس محمد مرسي. وانتقد عكاشة بشدة الأسلوب الذي تعاملت به مؤسسة الرئاسة مع الخاطفين والمفاوضات التي أجريت معهم، مشددًا على أن "الأمر كان يحتاج لنوع من السرية حتى نحافظ على هيبة الدولة ولا نقدم نموذجًا لإمكانية تكرار هذا الأمر مستقبلاً وابتزاز النظام". وطالب الرئيس محمد مرسي بالتفرغ لمشاكل سيناء والاكتفاء بالاحتفاء بعودة جنود "كان ينبغي في الأساس تأمينهم وعدم وقوعهم في الأسر خصوصًا أن هناك شهود عيان تحدثوا عن بلاغات قدمت للأمن قبل ساعات من عملية الخطف تفيد بمحاولات لخطف جنود". غير أن أسامة قاسم، مفتي جماعة الجهاد، اعتبر أن "الخاطفين ضحايا الظلم والتمييز والتهميش الذي تعرضوا له عقود من عصر الطاغية مبارك". وطالب قاسم بالإسراع بضرورة إعادة المحاكمات الخاصة في عدد من القضايا المتهم فيها شخصيات إسلامية سيناوية، سواء فيما يتعلق بقضايا بتفجيرات طابا وشرم الشيخ وذهب، أو الهجوم على قسم ثان العريش، لاسيما أن هذه الهجمات لم تحدث في ولاية الرئيس محمد مرسي وهناك شبهة تجني قد يكون أبناء سيناء ضحيتها. وشدد قاسم على ضرورة أن تستحضر المحكمة الظروف التي شهدت الهجوم على قسم ثان العريش، وإدراجها في خانة ردود الفعل الثورية إزاء ممارسات أجهزة مبارك الأمنية والتعامل مع أبناء سيناء بنفس التعامل مع الهجمات على الأقسام وإحراقها إبان الثورة. وحمل مفتي الجهاد بشدة تجاوزات أجهزة الأمن سواء خلال عصر مبارك أو حاليًا مسئولية ذلك، خصوصًا أن هذه الأجهزة تجاوزت جميع الخطوط الحمراء في تعاملها مع شيوخ ورجال القبائل وأهل سيناء بشكل دفع المواطنين لشن هجمات انتقامية ضد هذه الممارسات التي شعر معها أبناء سيناء بالغبن والظلم. وأكد قاسم، اعتزام عدد من رموز جماعة الجهاد وساطاتهم الشخصية لتهدئة الأوضاع في سيناء لافتًا إلى أن عددًا من الجهاديين كانوا قد طرحوا مبادرة لتطبيع العلاقات بين السيناويين والدولة خلال المرحلة القادمة. وتابع: "لو كنا قد طبقنا المبادرة التي طرحتها جماعة الجهاد لكنا قد تجنبنا الأحداث الأخيرة وكنا قد قطعنا خطوات في مساعينا لتطبيع العلاقات بين مؤسسات الدولة ورفع الظلم والغبن والشعور بالدونية الذي تعاملت به أجهزة الدولة مع أبناء سيناء خلال العهد الماضي".