اتهمت الشبكة العربية لمعلومات حقوق الإنسان، الكنيسة القبطية في مصر بالانخراط في الشئون السياسية، وصبغ الآراء السياسية بصبغة دينية، محذرة من أن هذا السلوك سيؤدى لمزيد من الأزمات التي تعاني منها الكنيسة، وكان آخرها لجوء بعض المسيحيين الأقباط من المقربين للبابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية إلى المطالبة بتدخل الدولة لقمع العلمانيين في الكنيسة. وقال البيان الذي أصدرته الشبكة أمس، إن مطالب جبهة العلمانيين في الكنيسة المصرية بدأت تلقى قبولا كبيرا لدي الأقباط في مصر، مشيرا إلى مطالبها المتعلقة بعدم خوض القيادة الكنسية في الأمور السياسية، مثل تأييد مشروع توريث الحكم في مصر لجمال مبارك، وكذلك مطالبهم بتعديل لائحة انتخاب البطريرك بما يتيح حق الانتخاب لكل من تجاوز 21 عامًا من ملايين الأقباط في مصر بعكس اللائحة الحالية التي تقصر العدد علي بضعة آلاف فقط، فضلا عن الهجوم على المدافعين عن حق الطالبات في ارتداء النقاب. وحذر البيان من "أن زج القيادات الكنسية بنفسها في ميدان الحياة السياسية سوف يفتح الباب للاختلاف والنقد، وهو ما يؤدي لحدوث أزمات عند الزعم بأن انتقاد الموقف السياسي للكنيسة هو انتقاد للقيادة الدينية". وقال جمال عيد المدير التنفيذي للشبكة العربية لمعلومات حقوق الإنسان "بابا المسيحيين الأقباط في مصر مثله مثل مفتي الجمهورية أو شيخ الأزهر، لهم كل تقدير ديني واجب، لكن حينما يدلون بآراء سياسية أو يغلبون طرف سياسي على آخر، فعليهم أن يتقبلوا النقد والاختلاف، وإذا غضبوا من ذلك فعليهم أن يوضحوا بجلاء أن مواقفهم السياسية تخصهم وحدهم وتخص شخوصهم ولا تمثل بالضرورة موقف المسيحيين أو المسلمين عامة، لأنه لا يمكن اختزال الموقف القبطي من القضايا السياسية في شخص القيادة الكنسية". وأعرب البيان عن قلق الشبكة العربية لحقوق الإنسان من صمت البابا على تحريض بعض المقربين منه للحكومة المصرية لقمع العلمانيين في الكنيسة بسبب مطالبهم المشروعة، سواء بتعديل لائحة اختيار البطريرك، أو إلغاء نظام القرعة الهيكلية، حيث يفسرها البعض بأنها موافقة ضمنية من البابا على قمع حرية التعبير لمواطنين أقباط يطرحون أراء إصلاحية.