مع قرب انتهاء عملية التصويت على الدستور في مختلف محافظات المرحلة الأولى، أعلنت غرفة العمليات المركزية لجبهة الإنقاذ الوطني عن تلقيها 750شكوى بخصوص مخالفات شابت سير عملية الاستفتاء. وقد تم رصد مخالفات في جميع محافظات في المرحلة الأولى بلا استثناء، وهي القاهرةوالإسكندريةوالشرقية والغربية والدقهلية وأسيوط وسوهاج وأسوان وشمال وجنوبسيناء. وجاءت القاهرة على رأس القائمة ب374مخالفة، تليها الإسكندرية ب105مخالفة، ثم الشرقية ب75مخالفة، والغربية ب67مخالفة، تليها الدقهلية وأسيوط ب55 و23 مخالفة تباعاً، وسوهاج ب19مخالفة، وأسوان ب17مخالفة، ثم شمال سيناء 11 وأخيراً جنوبسيناء ب3مخالفات. وكانت أكثر الشكاوى التي تلقتها غرفة العمليات تدور حول مخالفات إجرائية في سير العملية بعدد 242مخالفة، ويأتي على رأس هذه الفئة وجود أوراق اقتراع غير مختومة، وتكررت هذه الشكوى في مجمل المحافظات التي يجري فيها الاستفتاء طبقاً لغرفة العمليات، وتشمل هذه الفئة كذلك وجود أسماء ناخبين متوفين في الكشوف في بعض اللجان، وعدم وجود أسماء بعض الناخبين في الكشوف على الرغم من وجودها في الموقع الإلكتروني للجنة العليا للانتخابات، وعدم وجود الحبر الفوسفوري أو سهولة إزالته، ومنع دخول المراقبين والإعلاميين، وعدم فتح اللجان حتى أوقات متأخرة من اليوم، وصلت إلى الساعة الخامسة ظهراً في بعض الحالات. وأخيراً، تلقت غرفة العمليات شكاوى متكررة تتعلق بالتباطؤ في إدخال الناخبين إلى لجان الاقتراع. وفي المرتبة الثانية ب190بلاغاً جاء غياب الإشراف القضائي عن العديد من اللجان في مختلف أنحاء الجمهورية، وتلقت الغرفة في هذا الصدد بلاغات تنوعت بين عدم وجود قضاة – وهو ما تكرر في جميع محافظات الاقتراع – أو إشراف قاضٍ واحد على عدة لجان في نفس الوقت، أو قيام أعضاء هيئات قضائية (من دون القضاة) على اللجان، وكذلك وصلت عدة بلاغات عن انتحال صفة قاضي في مختلف المحافظات، بالإضافة إلى تزوير في هويات قضاة في أكثر من لجنة، وأخيراً تكررت الشكاوى عن رفض إبراز الهوية لأعضاء الهيئات القضائية في مختلف أنحاء الجمهورية. أما ثالث أكثر الشكاوى التي تم رصدها فكانت عن تواجد عناصر الإخوان المسلمين داخل اللجان وتوجيههم للناخبين للتصويت بنعم، وتكررت هذه المخالفة 162مرة في مجمل المحافظات التي يجري فيها الاستفتاء، وفي نفس الفئة شملت المخالفات التي تم رصدها توزيع سكر وزيت وشاى أمام بعض اللجان لتوجيه الناخبين. أما أهم الانتهاكات وأخطرها والمتعلقة بتغيير إرادة الناخبين فجاءت في المرتبة الرابعة بعدد 156بلاغاً، وتشمل هذه الفئة وجود صناديق ممتلئة بالكامل عند بدء الاقتراع في أكثر من لجنة، وتسويد البطاقات، وتعدي بعض القضاة على الناخبين، ومنع الناخبين من الإدلاء بأصواتهم.