بلغ عدد ضحايا حادث قطار أسيوط 47 طفلا و13 جريحا، بحسب إحصائية وزارة الصحة عن الحادث. الضحايا هم مصطفى على علام، وسارة محمود رفعت، عبد الرحمن عامر، عمر أروى عبد الرحمن، عبد الرحيم عبد الرحمن، عمر محمود أروى، حسين عيد حسن، أحمد خلف عبد الرحمن، وآيات يحيى على، محمد مصطفى عز، مصطفى أحمد محمد حلمى، هنا جميل عرب، محمد زين العابدين، فرحة محمد على، أحمد أشرف هاشم، محمد أشرف هاشم، محمود أشرف هاشم، محمد جمال شحاتة، علاء سيد جمال منة، ياسر طلعت عمر، محمد رشاد محمد، سعيد فتحى خليفة، سعد إبراهيم أحمد، فوزى حسين مصطفى، عرفة حسين أدهم جمال. وتضم قائمة الضحايا على إسماعيل سيد، ياسر أحمد سعد، حسن فارس جابر، عربى محمد عربى، هشام حسين عبد الرحمن، شيماء محمد منصور، أحمد محمد منصور، معاذ سعد الشلح، آيات جابر فرغلى، أحمد عنتر عبد الظاهر، إيمان يحيى على حمدالله، سناء فتحى أحمد، محمد محمد سراج، أحمد محمد حلمى، أما سائق الأتوبيس فيدعى على حسين على من قرية بنى عديات.