طالب بعض مستشارى مجلس الدولة والمحكمة الدستورية، بالحد من طغيان السلطة التنفيذية على باقى السلطات التشريعية والقضائية، وقيامها بفرض سياسة معينة بغية "أسلمة" الدولة ومؤسساتها، مؤكدين أن تكرار بعض المواد الدستورية الخاصة بالقضاء فى الدستور الجديد لا تنم إلا عن "فقر" و"قلة خبرة" فى كتابة النصوص الدستورية، داعين إلى وضع باب أو فرع كامل لتوضيح الضمانات الكاملة لاستقلال القضاء داخل الدستور الجديد والوقوف يدًا واحدة ضد تغول السلطة التنفيذية، مؤكدين رفضهم لكل النصوص الدستورية الخاصة بالمحكمة الدستورية العليا ولفكرة القضاء الموحد. ووصف المستشار حمدى ياسين، نائب رئيس مجلس الدولة، ورئيس نادى قضاة مجلس الدولة، الطريقة التى يتعامل بها أعضاء الجمعية التأسيسية مع الشعب والقوى السياسية من الخارج، بأنها تسيطر عليها "سوء النية"، مشددًا على أن تكرار بعض المواد فى الدستور ينم عن عدم خبرة بالنصوص الدستورية لأعضاء الجمعية، مطالبًا بضمانات لعدم تغول السلطة التنفيذية على السلطة القضائية.. وأكد أن هناك صراعًا كبيرًا داخل الجمعية التأسيسية للدستور لفرض بعض المواد والأفكار ومنها فكرة القضاء الموحد، متجاهلين طبيعة أعمال القضاء واستقلال مؤسساته، مشددًا على أن فكرة القضاء الموحد لم تعد تلائم تطور الحياة القضائية وضرورة أن يكون الدستور معبرًا عن كل طوائف الشعب وحاميًا للقوانين وطريقة تطبيقها بما يتواءم مع كل القوانين الدولية والمحلية لحماية المواطن. كما أكد المستشار حسام مازن، وكيل مجلس الدولة، أن المادة 184 بالدستور الجديد التى تنص على "عرض مشروعات القوانين المنظمة للانتخابات الرئاسية والتشريعية والمحلية على المحكمة الدستورية العليا قبل الموافقة عليها يتم عرضها على رئيس الجمهورية أو مجلس النواب" يعد مخالفًا لأحكام السلطة القضائية ومواد اختصاصها، لافتًا إلى أن القرار يتم إصداره خلال 15 يومًا من تاريخ عرض مشروع القوانين وهذه المدة غير كافية لمناقشة تلك القوانين، لاسيما عدم إخضاعها للرقابة أو اللائحة المنصوص عليها بالمادة 1 82 من الدستور.. وأضاف أن غياب المعايير فى اختيار أعضاء المحكمة الدستورية يؤكد رغبة التيار الإسلامى فى السيطرة على المحكمة الدستورية، وتقليص الجهات المنوط بها اختيار أعضائها من 8 جهات إلى ثلاث جهات فقط، هى النقض، ومجلس الدولة، ومحكمة الاستئناف. وأشار المهندس حمدى الفخرانى، عضو مجلس الشعب السابق، إلى أن مشروع اللجنة التأسيسية يجب أن يطرح على الشعب لبيان موقفه من هذه المواد، مع أخذ رأى المختصين فى هذه المجالات والعاملين فى الهيئات المختلفة مثل المحكمة الدستورية، والصحفيين، ومجلس الدولة، ومؤسسات المجتمع المدنى، وخلافه. وانتقد الفخرانى بعض مواد مشروع الدستور، وفى مقدمتها المادة 183، والتى قلصت الاختيارات لأعضاء المحكمة الدستورية، حيث حصروا الاختيار فى أربع جهات فقط، وتم حذف أربع جهات أخرى هى المحامين، والنيابة الإدارية، وأساتذة الجامعات، كما أنه لم يتم النص على أن أحكامها ملزمة للكافة حتى على القضاء العادى، فلا يوجد عقوبة على من لا ينفذ أحكام المحكمة الدستورية العليا، مما يعنى أن هناك تصفية حسابات مع المحكمة الدستورية العليا بخصوص الحكم الصادر بحل مجلس الشعب لعام 2011، فضلاً عن تعيين رئيس المحكمة الدستورية العليا وهو أمر فى غاية الخطورة، ونزع الرقابة اللاحقة من المحكمة الدستورية أمر يتناقض مع مبادئ الديمقراطية، مندهشًا من كيفية إلغاء الرقابة اللاحقة والمفترض أن تكون الرقابة السابقة لمجلس الدولة، واللاحقة للمحكمة الدستورية.