أعلن المستشار ماجد شبيطة، عضو لجنة نظام الحكم، أن الاتجاه الغالب داخل اللجنة يصب في صالح بقاء مجلس الشيوخ (الشورى)، موضحا أنه في حالة بقاؤه فإن هناك مقترحان، أولهما أن يكون مجلس تشريعي متكامل، له كافة اختصاصات وصلاحيات مجلس النواب "الشعب"، مشيرا إلى أن هذا المقترح يواجه معارضة شديدة داخل اللجنة، لأن إعطاء غرفتي التشريع ذات الصلاحيات، به عدم معقولية، وقد يعطل تمرير القوانين. وأشار شبيطة إلى أن المقترح الثاني بأن "الشيوخ" مجلس معاون لمجلس "النواب"، ومكمل له، وألا يكون معطل لتمرير القوانين، لتحقيق الاستقرار التشريعي، على أن يعطى للشيوخ صلاحيات الرقابة الإدارية وتعيين كبار الموظفين. وقال محمد عبد السلام مستشار شيخ الأزهر عضو لجنة الصياغة: "إن اللجنة ستعلق أعمالها بحق الأربعة مواد المتعلقة بالعلاقة بين الدين والدولة، وهي المادة الثانية ودور الأزهر والذات الآلهية والزكاة، على أن تحسم من خلال اللقاءات بين القوى السياسية خارج الجمعية التأسيسية للوصول إلى توافق مجتمعي بشأنها". من جانبه، انتقد القس صفوت البياضي، ممثل الكنيسة الإنجيلية بالجمعية، تمرير مادة الذات الآلهية، وتساءل: "هل من الممكن أن يقول أحد أن السيادة لغير الله"، مشيرا إلى هذا الأمر من البديهيات، ولا يحتاج لوضعه بنص دستوري، وأن الله استخلف الإنسان في الأرض، وأن "توضيح الواضح يزيده غموضا". ورفض أيضا البياضي مادة الزكاة، واعتبرها أنها كانت خاصة بعصر بعينه، ولكن يوجد حاليا ضرائب يدفعها ويستفيد بها جميع المواطنين، ولكن الزكاة يدفعها شريحة معينة من المواطنين دون الأخرى، ويستفيد منها فريق من المواطنين دون الفريق الآخر، وأن هذا ضد مبدأ المواطنة شكلا ومضمونا. كما رفض القس الخلط بين الدين والسياسة، واعتبر السياسة تحمل الإساءة للدين، لأنها متغيرة، والدين ثابت لا يتغير، وقال "لا نريد دستورا مقدسا، فالدساتير تتغير وتصنعها الشعوب". هناك سلبيات عديدة في الجمعية أبرزها ان اللجان تعمل كجزر منعزلة بشكل منعزل عن بعضها.