يخوض البرلمان الحالي العديد من المعارك مع مؤسسات الدولة، بعضها بسبب تمريره لقوانين تقلل من خصوصية بعضها وتمس استقلاليته والبعض الآخر بسبب التراشقات الإعلامية بين مجلس النواب وبعض الوسائل الإعلامية ورجالها. القضاء رغم إعلان الهيئات القضائية كافة، رفضها لقانون الهيئات القضائية إلا أن البرلمان مرر القانون وهو ما يعد تحديًا واضحًا للسلطة القضائية. وكان النائب أحمد حلمى الشريف، وكيل لجنة الشئون الدستورية والتشريعية تقدم بالمقترح الذى يتضمن تعديل قوانين السلطة القضائية ومجلس الدولة وهيئة قضايا الدولة والنيابة الإدارية، بشأن طريقة اختيار رؤساء تلك الهيئات. ونص التعديل علي أن يكون اختيار رئيس الهيئة القضائية من بين ثلاثة ترشحهم الجمعيات العمومية لتلك الهيئات، ويختار رئيس الجمهورية من بينهم، بعدما كانت الجمعيات العمومية ترشح أقدم الأعضاء، ويُرسل اسمه لرئيس الجمهورية عبد الفتاح السيسي للتصديق عليه. المستشار أحمد مكي، أكد أن القانون غير دستوري لأن التدخل في شئون السلطة القضائية جريمة وهي جهة مستقلة بذاتها، قائلاً " أي قاض عاقل لا يمكن ان يوافق علي هذا القانون". وفي تصريحات خاصة ل"المصريون"، قال "مكي" إن القانون يضخم سلطة رئيس الجمهورية في شئون السلطة القضائية، مشيرًا إلي أنه في حال وجود قدر من التعقل لدي الحكومة ستعدل عن هذا القانون تجنبا للصدام مع القضاة في أمر يخص استقلالهم وعملهم. وفي صدام محتمل بين البرلمان والقضاء، يستعد البرلمان حاليًا لإعداد تعديل جديد على قانون السلطة القضائية، من شأنه النزول بسن القضاة إلى 60 عامًا. وينص التعديل الجديد علي :" أنه استثناء من أحكام قوانين المعاشات، لا يجوز أن يبقى فى وظيفة القضاء أو يعين فيها من جاوز عمره "خمسة وستين" سنة ميلادية، على أن يتم خفض السن ل"ستين سنة" ميلادية بعد مرور خمس سنوات من تطبيق هذا القانون". وأوضح النواب، أن سن القضاة تم مده فى عهد الحزب الوطنى لأكثر من مرة، من أجل مصالح وأهداف سياسية، وليس من أجل أهداف ومصالح قضائية، وبالتالى آليات المد يشوبها العوار ولابد من مراجعة الأمر بشأنها، مشيرين إلى أن سن ال 70 عامًا لدى عموم البشر ، يمثل أزمة صحية، وهذه سنة الحياة، وبالتالى من شأنها أن تؤثر على سير العدالة، مشيرًا إلى أن الأمر لا يتوقف على الرؤية الصحية، بل يمتد لأزمة احتكار المناصب وعدم تصعيد الشباب فى المناصب الجديدة. الأزهر معركة جديدة يخوضها البرلمان حاليًا، بعدما أعلن النائب محمد أبو حامد، أنه سيتقدم بمشروع لتعديل قانون الأزهر الشريف، إلى البرلمان خلال أيام مشيرًا إلي أن المشروع يشمل كل مواد القانون الحالي، بهدف حوكمة مؤسسة الأزهر، مما ينعكس على المؤسسة إيجابًا سواء من ناحية تجديد الخطاب أو الفكر. وقال "ابو حامد" في يبان له إن اعتراض الأزهر على مشروع التعديل يأتي من منطلق "محدش يقرب مننا.. احنا مش زي أي حد" وبحساسية مفرطة. وأشار إلي أن القانون يهدف إلى وضع مجموعة من القواعد و الضوابط، تحكم تشكيل هيئات الأزهر، بهدف حوكمة اختيار أعضائها و تنظيم عملها. وأضاف، أن تلك التعديلات تشمل، قواعد اختيار شيخ الأزهر عند خلو منصبه، وكذلك قواعد اختيار مفتى الديار المصرية، وتنظيم العلاقة بين مشيخة الأزهر وكل من جامعة الأزهر و المعاهد الأزهرية . وتابع مجلس النواب، يقدر القضاة ومؤسسة الأزهر ويثمن دورهما في رفعة مصر، لكنه سيقوم بدوره التشريعي الذي أوكله له الدستور. ونوه إلي أن هيئة كبار العلماء يتم تشكيلها من خلال قرار تعيين يصدر من شيخ الأزهر، إلا أن فلسفة التعديل الجديد تتمثل فى ضرورة أن تدخل المؤسسات الدينية المختلفة لترشيح أعضاء هيئة كبار العلماء، وإن كان هناك تعيين لأعضائها يكون من خلال رئيس الجمهورية وليس شيخ الأزهر. وطالب بتوسيع دائرة أعضاء هيئة كبار العلماء، لتشمل عددًا أكبر من الأعضاء، وتضم إليها علماء ومتخصصين فى أمور أخرى وليس الدين فقط، حتى يتم رسم صورة كاملة عن الأمور الحياتية لعلماء الدين قبل إصدار أى فتوى. واكد، أن هيئة كبار العلماء جانبها الصواب مؤخرًا خلال قرارها بوقوع الطلاق الشفهى خلال بيان أصدرته، فهى لم تسع إلى حل المشكلة الخاصة بالطلاق، كما وجه الرئيس عبد الفتاح السيسى. الإعلام يفتعل البرلمان أزمات مع الإعلام بين الحين والآخر، وهو ما يعرض البرلمان بأكمله الي مواجهة الإعلام الذي يشن حربًا ضاريًا إذا ما حاول مجلس النواب المساس به. شن رئيس البرلمان، الدكتور علي عبد العال هجومًا حادًا على مؤسسة الأهرام الصحفية ومجلس إدارتها بسبب موقفها من أزمة النائب السابق محمد أنور السادات، متهمًا الصحيفة بأنها تشوه البرلمان، قائلاً: "الغريب إننا أحنا اللي بنصرف على الجريدة وفي الآخر بتشوه البرلمان". وأكد أن المؤسسة الصحفية لا تدار بشكل إيجابي، مشيرًا إلى أن قانون الهيئات الإعلامية بعدما يرى النور سيحسم الموقف بالنسبة لكل هذه المؤسسات. ووافق مجلس النواب على أن يتقدم رئيسه ببلاغ ضد جريدة المقال، ورئيس تحريرها إبراهيم عيسى، بسبب ما نشرته عبر صفحاتها عن وصف البرلمان بأنه مجلس كارتونى. وتحدث رئيس النواب عن انتقاد احد الإعلاميين له رافضًا ذكر اسمه مفضلاً إطلاق لقب "السفيه"عليه. وقال "ما حدث أمر غير مقبول لكني لن أقدم بلاغًا لأن هذا الكرسي يفرض على ألا أدخل نفسي في أي نزاع مع صحفى أو إعلامي واللي مبوظين الإعلام في مصر ومفيش حد بيتفرج عليهم ومش بيقدموا إعلام،دول بيقدموا نضال سياسي".