اتهامه بالتورط في 18 قضية فساد، وعدم قيامه بإنجازات حقيقة تذكر داخل مركز البحوث الزراعية، جعلت بعضًا من أعضاء مجلس النواب ينتفضون معترضين على اختيار الدكتور عبد المنعم البنا لمنصب وزير الزراعة. وقال صبري داود، عضو لجنة الزراعة والري بمجلس النواب، إن البرلمان في غضون الأيام القليلة القادمة سيتخذ إجراءات تصعيديه ضد وزير الزراعة الجديد، لا سيما في حال ثبوت التهم المدان فيها، مؤكدا أن الوزير لن ينجح في إدارة الوزارة؛ مبررا ذلك بعدم قدرته في تطوير مركز البحوث الزراعية الذي كان يترأسه. وفي تصريحه إلى "المصريون" أوضح داود أن "الوزير كان عليه الاعتذار عن ذلك المنصب، لأنه بذلك فتح نار جهنم على نفسه، ويمكن لو مجاش الوزارة مكنشي حد تكلم عليه". وأشار إلى أن الوزير لم يستطع إحداث أية تغييرات تذكر داخل مركز البحوث الزراعية أثناء ترأسه، بل حدث تدهور لحاله، وأيضا تدهورت غالبية الزراعات المصرية ، لافتا إلى أن بعضها اندثر والبعض الآخر تدهور حاله بشكل ملاحظ، على الرغم من أن مصر كانت رائدة فيه كالقطن والقمح. وأكد أن اختيار شخصية مثل ذلك الوزير تثير علامات الاستفهام، وتسبب إحراج لرئيس الحكومة وللرئيس عبد الفتاح السيسي. في نفس السياق، قال أشرف عزيز اسكندر، عضو مجلس النواب، إن الدكتور شريف إسماعيل، رئيس مجلس الوزراء، كان يتعين عليه عدم اختيار وزراء تشوبهم بعض الشبهات؛ حتى لا يصبحوا في موقف حرج مثل هذا. وتساءل اسكندر في تصريح إلى "المصريون" عن موقف الحكومة في حال ثبوت التهم المدان فيها ذلك الوزير، مشيرًا إلى أن ذلك ربما يسبب غضبًا من المواطنين ضد الحكومة. وأوضح أن شريف كان عليه اختيار الوزراء الجدد بعناية فائقة، بالإضافة إلى دراسة سيرتهم الذاتية بشكل جيد، مع الاستعانة بالجهات المختصة التي يمكن أن توضح له ذلك. فيما تساءل النائب إيهاب غطاطي عضو لجنة الزراعة والري بمجلس النواب، عن انجازاته حتى يتم اختياره وزير، قائلاً: "ما هي إنجازاته حتى يأتي وزير زراعة، فاختياره خاطئ ولن يقدم جديدا للوزارة، وهتنزل تحت في عهده"؟ وأبدى اعتراضه على سياسة وأداء وزير الزراعة الجديد أثناء منصبه كرئيس مركز البحوث الزراعية، لأنه كان غير قادر على اتخاذ القرارات، وما وصل به حال مركز البحوث الزراعية شيء يثير الاشمئزاز. وأشار النائب في تصريحات صحفية له، إلى أن اللجنة ستعقد اجتماعا مع وزير الزراعة في الفترة المقبلة، لمناقشته في قضايا كثيرة، منها ضرورة تحول مليون فدان لزراعة الذرة الصفراء، وطرح نظام الزراعة التعاقدية بين اتحاد شركات منتجي الدواجن والفلاحين، حتى توفر علفا للدواجن وتنخفض أسعارها، وقضية قصب وبنجر السكر، وضرورة تعميم وسائل الري الحديثة وتطوير مركز البحوث الزراعية لزراعة التقاوي. وكان مجلس الوزراء برئاسة الدكتور شريف إسماعيل، استقر على اختيار الدكتور عبد المنعم البنا، لتولي حقيبة الزراعة واستصلاح الأراضي خلفا للدكتور عصام فايد، وأدى الوزير اليمين الدستوري أمام الرئيس عبد الفتاح السيسي.