وجه عدد من الأعضاء السابقين بجماعة "الإخوان المسلمين" انتقادات لاذعة ضد قرار الجماعة بشأن الدفع بخيرت الشاطر فى انتخابات الرئاسة، معتبرين هذا القرار بداية لانهيار مصداقية الإخوان، فيما أكد آخرون من الجماعة أن أبو الفتوح كان معروضًا على الاستفتاء الداخلى فى مجلس الشورى العام، ولكن النتيجة خرجت فى صالح الشاطر باعتباره يحمل مشروعًا نهضويًّا إلى جانب كفاءته الإدارية الشديدة. واعتبر أحمد محمود، القيادى بالإخوان المسلمين، وعضو مجلس الشعب، أن الإشكالية فقط كانت فى الطريقة التى كتبت بها البيان الجماعة فى 10 فبراير 2011 قبل تنحى المخلوع، معتبرًا أن تصريحهم بعدم ترشيح أحد من داخل الجماعة فى الرئاسة، كان السبب فى الأزمة الحالية بين الإخوان والقوى السياسية والشارع لعد مرونته، لأن السياسة هى فن المتغيرات وليس بها ثوابت مطلقة. ونفى القيادى الإخوانى أن تتأثر ثقة الشارع فى الإخوان، معتبرًا أن ما يحدث الآن أزمة وستمر كما مرت غيرها. فى المقابل دعا الدكتور محمد حبيب، نائب مرشد الإخوان السابق، الجماعة إلى التراجع عن قرارها بشأن الشاطر، واصفًا القرار بأنه لا يصب فى مصلحة البلاد بقدر ما سيساعد على تفتيت أصوات الإسلاميين، ليصب فى صالح مرشحى "الفلول". ولم يستبعد حبيب أن يكون الدفع بالشاطر مقصودًا لتفتيت الأصوات الموجهة للمرشحين الإسلاميين خاصة المرشح حازم صلاح أبو إسماعيل، مشيرًا إلى أن عددًا من الإخوان والسلفيين كانوا سيدعمونه ثم قاموا بالتراجع بعد ترشح الشاطر. وأكد أن الجماعة قد تقع فى حرج قادم مع الدكتور أبو الفتوح فى حال فوزه بالانتخابات القادمة، لاسيما وأن فرصه فى الفوز تعد الأعلى مقارنة بالدكتور محمد سليم العوا، مرحبًا بالأطروحات الخاصة بتنازل العوا لصالح أبو الفتوح أو التوفيق بينهما. وقال حبيب: "إن أبو الفتوح لديه ما يميزه عن باقى المرشحين الإسلاميين فى عدة أوجه أهمهما انفتاحه على كل القوى السياسية والوطنية وما يملكه من شبكة علاقات اجتماعية وخبرة بمجال العمل السياسى العام"، لافتًا إلى أن المرشح خيرت الشاطر قد لا يكون ذا خبرة فيما عدا المجال الاقتصادى. من جهته، رد حسين إبراهيم، زعيم الكتلة البرلمانية للحرية والعدالة، على فرار عدم ترشيح أبو الفتوح كاشفًا عن أنه كان معروضًا على الاستفتاء الداخلى فى مجلس الشورى العام ولكن النتيجة خرجت فى صالح الشاطر. واعتبر أن هناك فارقًا كبيرًا بين الشاطر وأبو الفتوح، حيث إن الشاطر يملك الكثير ليقدمه باعتباره يحمل مشروعًا واضح المعالم والخطوات نحو بناء دولة حديثة قوية إلى جانب كفاءته الإدارية الشديدة. فى السياق أوضح جمال حشمت، وكيل لجنة العلاقات الخارجية بمجلس الشعب، وعضو مجلس شورى الجماعة، أن مجلس الشورى العام اجتمع ثلاث مرات طارحًا المرة الأولى فكرة ترشيح أحد من داخل الجماعة ولكن الفكرة قوبلت بالرفض التام من الجميع. وأشار إلى أن الجماعة قررت أن تمنح الجميع فترة لمراجعة قراراتهم، وفى الاجتماع الثانى كانت أيضًا النتيجة فى صالح عدم ترشيح أحد من الداخل إلا أن الاجتماع الأخير أيد فكرة ترشح أحد من الداخل وأخذ وحصل الشاطر على أعلى نسبة تصويت من بين ثلاثة مرشحين تم الاستفتاء عليهم. فى السياق، وجه المهندس أبو العلا ماضى، رئيس حزب "الوسط" انتقادات لاذعة لقرار الدفع بالشاطر، واصفًا إياه بأخطر القرارات الخاطئة للإخوان على مدار تاريخها، وقال إن الجماعة سوف تدفع ثمنًا باهظًا بسبب هذا القرار الذى جاء دون أدنى وعى سياسى. من جانبه، رأى الخبير والمحلل السياسى الدكتور يسرى الغرباوى أنه يستحيل الحكم بوجود انشقاقات بالجماعة لأن الإخوان تنظيم وكيان شديد التماسك وليس من السهولة انشقاق أعضائه أو حدوث تفتيت لكيانها فى الوقت الحالى. إلا أنه اعتبر أن الأحداث الماضية وما أصاب الجماعة من انتقادات من جانب أعضائها المنشقين ومن داخل الجماعة نفسها من شأنه أن يؤثر سلبًا على الجماعة فى الانتخابات القادمة. فى الوقت نفسه، أكد الغرباوى أن الجماعة تتسم بالذكاء وسوف تبذل قصار جهدها لتعويض ما تم فقده فى الفترة الأخيرة بالتزامن مع تسمية الشاطر للانتخابات وما سبقها من محاولات الاستئثار بلجنة وضع الدستور وما شهده الشارع السياسى من انتقادات لاذعة لهم.