أثارت مطالب الكنيسة بتخصيص أربع حقائب وزارية للأقباط، حالة من الجدل بين القوى السياسية، التى رفض جانب كبير منها تقسيم الحكومة على أساس طائفى، داعين إلى التركيز على معايير الكفاءة والوطنية وتحمل المسئولية. وقال عبد الرحمن البر عضو مكتب الإرشاد بجماعة الإخوان المسلمين إنه لا يؤيد ولا يرفض مطلب الكنيسة بتخصيص أربع حقائب وزارية للأقباط، ولكنه اعتبر أنه لا ينبغى أن تكون هناك حصص أو مخصصات طائفية فى تشكيل الحكومة ولكن يكون الاختيار على أساس الكفاءة والوطنية وتحمل المسئولية. وأضاف البر، أن دور الكنيسة بطبيعة الحال هو دور روحى فقط وليس سياسيا وأن مثل هذا الطرح سيؤدى إلى وجود تميز طائفى بين فئات الشعب المصرى الواحد. إلى ذلك قال محمد حسان المتحدث الرسمى للجماعة الإسلامية إن فكرة التقسيم الطائفى للوزارات بهذه الصورة مرفوضة, ولكن الاختيار يكون على أساس التمثيل الشعبى والتوافق الوطنى الذى يراعى الجانب القبطى . واعتبر حسان، أن طرح أربع حقائب وزارية يعتبر نسبة مبالغ فيها على حسب عدد الأقباط فى مصر، وقال : "اذا كان هذا هو رأى الكنيسة الأرثوذكسية فما نصيب باقى المذاهب القبطية الكاثوليكيةوالبروتستانت". ولفت، إلى أن الجماعة تعارض تشكيل حكومة جديدة حاليا لأن هذه الفترة لا تسمح بتغيير الحكومة فى ظل عدم استقرار الأوضاع الأمنية والسياسية والاقتصادية . من جانبه علق النائب البرلمانى حلمى الجزار عن حزب "الحرية والعدالة" على مطلب الكنيسة بالقول إن الكفاءة هى أساس اختيار أى وزير ولا يتم الأمر على أساس المحاصصة, وأنه حيثما وجدت المسئولية تحددت كيفية الاختيار بالمعاير المناسبة للمنصب الوزارى. وقال : " إن مصر تحتاج إلى جميع الكفاءات, وأن كلمة وزارة سيادية وغير سيادية من آثار الماضى فكل وزارة تلبى حاجات الشعب هى وزارة سيادية". على الجانب الآخر قال ماجد سمير، المفكر القبطى إن اختيار أى مسئول فى الحكومة يجب أن يكون على أساس المسئولية ويرجع لنقطة واحدة هى معيار كفاءته وأنه يجب ألا يكون هناك فرق بين وزير قبطى وآخر "لأن مسئولية دخول الجنة ليست مسئولية الحكومات" على حد وصفه. واقترح أن يكون اختيار الوزراء بالاستفتاء، معتبرا أن الطرح الذى قدمته الكنيسة يؤدى إلى صراعات بينها وبين والجامع. من جهته قال نادر شكرى، الناشط القبطى، عضو "اتحاد شباب ماسبيرو" إن شباب الأقباط يرفضون بشدة تدخل الكنيسة فى الحركة السياسة . وكشف عن وجود إشكالية كبيرة بين المدنيين الأقباط والفروض السياسية التى يفرضها "البابا" على لسان الأقباط . وطالب شكرى بفصل الكنيسة عن الممارسات السياسية تماما, وترك الساحة السياسية لأصحابها من التيارات والأحزاب التى تمثل الأقباط مثل حزب "المصرى الديمقراطى "والتحالف الشعبى" وحزب "الحياة". واعتبر الناشط القبطى أن الكنيسة أثبتت فشلها فى العمل السياسى, وأن تدخلها سياسيا سيقسم المجتمع إلى فريقين سياسين مسلم ومسيحى . وقال إنه ممثل عن شباب الأقباط يقبل مثل هذا الطرح ولكن ليس من خلال الكنيسة أو البابا بل من خلال التيارات السياسية المنخرط فيها الأقباط. وأضاف: "إذا كانت الحكومة الحالية تعبر عن طرف واحد فنحن سنقاطع الإخوان لو استحوذوا على الحكومة وأننا نرفض أن نكون ديكور أو تجميل للحكومة" . وتابع عضو اتحاد شباب ماسبيرو بالقول: "إننا لا نقبل توظيف الأقباط فى وزارات غير سيادية, ولكننا نريد وزارات سيادية مثل المالية والإعلام والخارجية ويكون الاختيار على أساس الكفاءة فنحن لا نريد مجددا حكومة مناصب دون فاعلية". وأكد أن الأقباط لهم حق المواطنة وأنهم جزء من الحركة المدنية المصرية, وأنه إن لم توافق القوى المدنية الممثل فيها الأقباط أو الأحزاب الموجودة بها, فإنهم سيقاطعون هذه الحكومة ولن يقبلوا تشكيلها.