تتعدد الروايات التاريخية حول نشأة الإخوان المسلمين بالسودان، مثلما تتباين وجهات نظر قياداتها حول المسمى الأول لها وارتباطها بالتنظيم الدولى للجماعة، والتزامها بقرارات المركز العام بالقاهرة منذ نشأتها فى أبريل 1949، حينما جاء وفد من إخوان مصر بقيادة جمال الدين السنهورى لشرح الأفكار والأهداف التى يسعون لتحقيقها. وطوال تاريخ الإخوان المسلمين فى السودان، تعرضت للعديد من الانقسامات والانشقاقات، كان أبرزها ما حدث عام 1979، عندما انشق حسن الترابى، بعد تصالحه مع نظام جعفر نميرى آنذاك، والمفارقة أنه رغم قدم تاريخ الإخوان المسلمين فى السودان، فإن دورهم يتراجع فى الوقت الراهن، لاسيما على المستوى الجماهيرى، تاركين الصدارة لقوى إسلامية أخرى، على رأسها حركة الترابى. كان عام 1954 حاسما فى تاريخ الجماعة بعد أن عقدوا مؤتمرا لحسم الخلاف الذى نشب وسط صفوفهم حول المسمى فاختاروا بما يشبه الإجماع اسم (الإخوان المسلمين) وسقط مقترح تسمية الجماعة بحركة التحرير الإسلامى، وكان أول انشقاق لأولئك الذين رفضوا الاسم بقيادة الراحل بابكر كرار. ويقول المحبوب عبدالسلام، أحد المقربين من الترابى، الناطق باسم حزبه خارج السودان ل«المصرى اليوم» إنه حينما قبل الترابى عام 1977 مصالحة نظام نميرى بعدما خاضوا معه معارك عسكرية فى قلب الخرطوم، اختلف الإخوان سياسيا فى هذا الموقف مما أدى الى تدخل التنظيم الدولى فتوحدوا لمدة عام قبل أن تتجدد خلافاتهم مرة أخرى وتخرج إلى العلن»، وذلك بعد أن استطاعت الحركة الإسلامية تحقيق مقاصدها فى الوصول إلى الحكم فى 30 يونيو 1989 مع «ثورة الإنقاذ»، التى صعدت الإسلاميين، فتحولت الجبهة الإسلامية إلى «حزب المؤتمر الوطنى». لكن اللافت أن الإسلاميين تنازلوا عن كثير من مبادئهم بعد ذلك فى اتفاقية «نيفاشا» للسلام عام 2005، التى ألغت العمل بالشريعة الإسلامية. لكن أبوبكر عبدالرازق، المسؤول عن العلاقة بين الحركات الإسلامية العالمية فى حزب الترابى، نفى أن تكون لديهم علاقة عضوية مع التنظيم الدولى للإخوان المسلمين فى مصر، وقال ل«المصرى اليوم»: «لا يمكن ان تكون لدينا علاقة قطرية بها قدر من التبعية، وذلك لاختلاف بيئات العمل والثقافات والتحديات التى تواجه كل حركة إسلامية عن الأخرى».