شهدت بطولة كأس أمم أفريقيا 2021 عدد من الأزمات الكبيرة خلال 24 ساعة كان اخرها قيام عناصر انفصالية بهجمات على مدينة بويا تسببت في مقتل جنديًا. وقررت السلطات الكاميرونية إلغاء مران منتخب تونس الذي يقيم في المدينة التي تشهد عنف في الفترة الحالية، تستضيف المدينة أربعة من الفرق المشاركة في بطولة كأس الأمم الأفريقية الجارية حاليا. وتسعى ميليشيات من الأقلية الناطقة بالإنجليزية في غرب الكاميرون إلى إقامة دولة انفصالية تسمى أمبازونيا منذ عام 2017 احتجاجا على تعرضهم للتهميش من قبل الحكومة الناطقة بالفرنسية حسب وصفهم. الأزمة الثانية كانت قبل ساعات في مباراة منتخب تونس ومالي والتي شهدت أخطاء تحكيمية كارثية واعتراضات الأجهزة الفنية. وقام مقام الحكم الزامبي جاني سيكازوي بإنهاء المباراة في الدقيقة 89. وقبل هذه الواقعة قام الحكم جانى سيكازوي بإنهاء المباراة بين تونس ومالي في الدقيقة 85 اعتقادا أن المباراة في الدقيقة 95 ولكن استكمل اللقاء وأسقط الكرة ليكمل المباراة وينهيها في الدقيقة 89 وسط اعتراض من منتخب نسور قرطاج. ومجملًا فقد اتخذ الحكم الزامبي 4 قرارات ستظل في الذاكرة عالميًا نظرًا لعدم حدوثها من قبل. النشيد الوطني لموريتانيا تسبب خطأ تنظيمي في عدم تشغيل النشيد الوطني لمنتخب موريتانيا وذلك قبل مواجهة منافسه جامبيا في إطار منافسات الجولة الأولى من دور المجموعات لبطولة كأس أمم أفريقيا 2021 حيث تم استبدال النشيد الحالي بنشيد قديم مر عليه 6 عقود. وتشهد البطولة القارية تحديات صعبة وذلك بسبب انتشار فيروس كورونا وكذلك عدد من المشاكل التنظيمية الخاصة بالمباريات.
