انتقد تحالف منظمات المجتمع المدني من أجل الاستعراض الدوري الشامل، ما وصفه بعدم مواكبة التشريعات الحالية لكثير من تعهدات مصر أمام الآلية الدولية، ومخالفتها نصوص الدستور المصري في نفس الوقت، مشيرا إلى أنه ما زالت معظم مكونات حزمة القوانين والتعديلات التشريعية المطلوب إقرارها لتوفيق الأوضاع القانونية مع معايير حقوق الإنسان لم تنجز بعد. وأشار التقرير الأول حول متابعة توصيات «الدورة الثانية للاستعراض الدوري الشامل – مصر» والذي يغطي الفترة من الأول من يناير إلى نهاية أغسطس 2016 وذلك في إطار مشروع «الاستعراض الدوري الشامل كأداة لتحسين السياسات العامة خلال المرحلة الانتقالية» الذي تنفذه المؤسسة بتمويل من الإتحاد الأوروبي خلال 2016-2017، إلى ما تم رصده من مشكلات وانتهاكات على مستوى الحقوق الاجتماعية والاقتصادية والمدنية والسياسية كثير منها ناتج عن عدم ملائمة السياسات العامة المتبعة وتجاوزات من بعض المنتسبين لجهات إنفاذ القانون والمسؤولين الحكوميين، فضلا عن تحليل التأثيرات السلبية لظاهرة الإرهاب على احترام حقوق الإنسان في مصر. وتناول التقرير عرضا وتحليلا للإجراءات المرتبطة بالوفاء بتوصيات الاستعراض الدوري الشامل التي قبلتها الحكومة المصرية في مارس 2015، وتقييم مدى التقدم في تنفيذ تلك التوصيات وما ينبثق عنها من تعهدات طوعية. وتضمن التقرير (19 محور) تغطي الجوانب المختلفة للتوصيات التي قبلتها الحكومة المصرية والبالغة 223 توصية، وتضمنت هذه المحاور الإجراءات الخاصة بالإطارين التشريعي والمؤسسي، الحق في الحياة ومكافحة الإرهاب، التعاون مع الآليات الدولية لحقوق الإنسان، الحرية والآمان الشخصي، حالات الاختفاء القسري، أوضاع اللاجئين، الحق في التعليم، الحق في الصحة، الحق في السكن، الحق في العمل، حرية الرأي والتعبير، الحق في التجمع السلمي، الحق في حرية تكوين ونشاط التنظيمات الأهلية، الحق في المحاكمة العادلة، معاملة السجناء وغيرهم من المحتجزين، مكافحة الفساد، مكافحة الاتجار بالبشر، حقوق المرأة، حقوق الطفل.