قال البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية، بطريرك الكرازة المرقسية إن الانذار الذي وجهه تنظيم القاعدة للأقباط أدى إلى تعاطف كبير مع الأقباط، ووجه الشكر إلى شيخ الأزهر الدكتور أحمد الطيب لإدانته حادث الإعتداء على كنيسة «سيدة النجاة» بالعراق ورفضه لأي تهديد لكنائس وأديرة مصر. وخلال عظته الأسبوعية مساء الأربعاء التي جرت وسط احتياطات أمنية مكثفة عقب تهديد تنظيم القاعدة، قال البابا: «قرأت باهتمام شديد تصريحات شيخ الأزهر الدكتور أحمد الطيب التي أدان فيها الاعتداء الآثم على كنيسة سيدة النجاة وقال (فيها) إن مثل هذه الأفعال يرفضها جملة وتفصيلا ولا يقبل أي تهديد لأديرة مصر و كنائس مصر». وأضاف « باسمكم جميعا نشكر فضيلة شيخ الأزهر متعه الله بالصحة والسلامة». أوضح البابا أنه مثلما كان يقول في كل المشاكل السابقة «ربنا موجود»، مضيفا أن المسيحيين يعتقدون أن «كل الأمور تعمل معا للخير للذين يحبون الله؛ وربنا إما يمنع الشر أو يحول الشر إلى خير». وقال: «الإنذار الذي وصل لنا كان سببا لتعاطف ناس كتير جدا معانا من رجال الدين من الإخوة المسلمين والكتاب والصحفيين ورجال الأمن». وقال البابا إن بعض الأزمات يكون له وجه إيجابي وكان من نتائج هذا التهديد ما تلقيناه من تضامن الكثير من المؤسسات الإسلامية ومن الكثير من الكتابات الصحفية التى عبرت عن مساندتها للكنيسة. كانت جماعة ما تعرف ب "دولة العراق الاسلامية " التابعة لتنظيم القاعدة هددت باستهداف الكنائس ما لم يتم الإفراج عمن اسمتهم «المسلمات الأسيرات في الأديرة» وعلى رأسهن اثنتان من زوجات الكهنة وهما وفاء قسطنطين وكامليا شحاتة اللتان أشيع أنهما اعتنقتا الإسلام. وردا على سؤال حول تصريحات بعض الأساقفة غير المسئولة التي تورط الكنيسة وتدخلها في أزمات ، قال البابا: «الأساقفة لما بيصرحوا لا يأخذوا إذنا مني قبل التصريح... ياريت يأخدوا إذنا قبل ما يصرحوا». ونصح البابا الأساقفة بالرد على أسئلة الصحفين بعبارة «لا أعرف» أو «أسأل وأقولك» ، مضيفا «المسألة عايزة شوية تواضع مش أي حد يبقى أبو العريف وعنده الخبر اليقين». وذكرت وكالة أنباء الشرق الأوسط أن «البابا شنودة قرر منع الأساقفة من التحدث إلى الإعلام بدون إذن مسبق منعا لحدوث أي أزمات مستقبلية لا طائل من ورائها». وبرغم الاحتياطات الأمنية التي تسببت في بعض التوتر فلم يمنع ذلك البابا من إضفاء جو من المرح على الإجتماعات ببعض «القفشات» التي عادة ما تشتهر بها اجتماعات البابا. ووجه البابا شنودة تحية تقدير إلى وزارة الداخلية التى قامت بتوفير بوابات إلكترونية لتفتيش المترددين على الكاتدرائية والكشف عن المفرقعات. وكانت قوات الأمن المصرية كثفت من توجدها حول الكاتدرائية الأرثوذكسية بالعباسية قبل وأثناء محاضرة البابا شنودة الأسبوعية التي يلقيها الأربعاء. وانتشرت أعداد كبيرة من قوات الأمن حول الكاتدرائية ووضعت تلك القوات المتاريس لمنع انتظار السيارات حول أسوار الكاتدرائية. ونشر الأمن عددا من أفراد الشرطة السريين داخل الكاتدرائية وخارجها وإن كانوا انتشروا بصورة أكبر داخل القاعة التي يلقي فيها البابا محاضرته وشهدت تأمينا إضافيا قبل دخول الحضور وتفتيشيا إضافيا. وسمحت الكاتدرائية الأربعاء لكل وسائل الإعلام بالحضور والتصوير لنفي ادعاءات إلغاء المحاضرة خوفا من تهديدات القاعدة وهي التي ساقها البعض خلال اليومين الماضيين.
