استنكر مجلس أمناء جامعة النيل، في بيان الأربعاء، استغلال مباني الجامعة، في إعلانات لصالح مدينة زويل للعلوم، بهدف جمع تبرعات وقبول طلاب جدد في الجامعة. وأكد بيان مجلس الأمناء، أن أنه ليس من حق الغير أيً كانت صفته استعمال الأراضي والمباني السابق تخصيصها لجامعة النيل أو استغلالها فى إعلانات بغرض جذب تبرعات أو غيره لمشروع آخر. وذكر البيان : «إثارة مثل هذه الأمور على المواقع الصحفية والإعلامية مجددًا مقصود بها التأثير فى سير العدالة، وتضليل الرأي العام ، بحجة رغبة أولياء الأمور والطلبة للالتحاق بها للدراسة بمقر الجامعة» ولفت البيان إلى أن الأمر برمته معروض حاليًا في عدد من الدعاوى أمام القضاء الإداري لإثبات حق جامعة النيل وحدها في هذه الأراضي والمباني ومنع الغير من استخدامها. وكانت محكمة القضاء الإداري بمجلس الدولة أصدرت حكما فى 18 نوفمبر 2012 بأحقية جامعة النيل فى مبنى بالمقر الحالي، وطعن الدكتور زويل والحكومة على الحكم أمام المحكمة الإدارية العليا، وطعنت جامعة النيل أيضا لإثبات أحقيتها فى كامل الأرض والمباني، فأحالت المحكمة القضية إلى هيئة المفوضين التى أوصت فى تقاريرها بالحكم بأحقية جامعة النيل فى كامل الأراضي والمباني والتجهيزات والمعامل والأموال، وأوصت هيئة المفوضين برفض الطعون المقدمة من مدينة زويل ومن الحكومة، وتنطق المحكمة الإدارية العليا بحكمها يوم 24 أبريل. يشار إلى أن هناك عدد من أولياء الأمور والعاملون بالجامعة قرروا التقدم بمستندات لجهات مسؤولة من بينها النائب العام ضد كل من وزير الإعلام صلاح عبدالمقصود وعدد من مقدمي البرامج والكتاب الذين تعمدوا تضليل الرأي العام وحجب الحقيقة عنه في قضية جامعة النيل في الفضائيات والصحف المختلفة.