أثناء انتفاضة القضاة عام 2006، وأمام الجماهير الثائرة والمحتشدة في واحدة من ذروات الحراك السياسي في مصر خلال ذلك الوقت، فوجئ الجميع بالمستشار محمود مكي وهو يندفع نحو اللواء إسماعيل الشاعر، مدير أمن القاهرة آنذاك، ويذكره بانفعال بابنه المتوفي «عمر» طالباً منه قراءة الفاتحة له وأن يتوقف عن سحل وضرب الشباب المتضامنين مع القضاة، لتكون جملته الأخيرة قبل أن يتركه هي «تذكر يا إسماعيل بيه إنهم في عمر ابنك الله يرحمه». وقتها لم يكن المتضامنون مع القضاة والذين يسحلون بواسطة الشرطة هم فقط من الشباب، حيث كان الكثير من الكهول الذين قرروا تدعيم تلك الانتفاضة المهمة ضد دولة «مبارك»، ومن ضمنهم كان محمد مرسي، عضو مجلس الشعب السابق عن جماعة الإخوان المسلمين، يَقف ضمن الحشود الداعمة، قبل أن يعتقل صباح 18 مايو 2006، ويقضي سبعة أشهر في السجن بسبب رفضه إحالة المستشارين هشام البسطويسي ومحمود مكي إلى لجنة إصلاحية بعد كشفهما للتزوير في الانتخابات البرلمانية. خمس سنوات بعدها، وصورة واسعة لحركة استقلال القضاة تلك جرت في يناير 2011 وأدت في نهايتها لتحقيق أكثر مما سعى إليه مكي وأيده في منع تزوير الانتخابات وتعديل المادة 76 من الدستور ليصبح اختيار الرئيس بين أكثر من مرشح، حيث تم إسقاط نظام مبارك كاملاً وأقيمت بعدها أول انتخابات رئاسية فاز بها مُرسي. وعلى الرغم من أن الرئيس محمد مرسي لم يلتق بالمستشار محمود مكي منذ أن أصبح رئيساً، إلا أنه اختاره في النهاية ليكون نائباً له، في اختيارٍ لاقى قبولاً ضخماً من القوى الوطنية المختلفة، بسبب السمعة الجيدة للمستشار مكي والسيرة الحسنة التي صاحبته على مدار سنوات ومواقف طويلة. المستشار الذي دخل القضاء من بوابة الشرطة؛ حيث كان ضابطاً بقطاع الأمن المركزي، أصبح رئيساً للجنة متابعة الانتخابات داخل نادي القضاة، أثناء رئاسة المستشار زكريا عبد العزيز له، قبل أن يقودا سوياً بجوار المستشارين حسام الغرياني، وأحمد مكي، ومحمود الخضيري، وناجي دربالة، وعاصم عبد الجبار، وغيرهم المئات من القضاة الشرفاء الاعتصام الكبير الذي كان نقطة أساسية في الحركة الاحتجاجية المصرية التي أثمرت في نهايتها بإسقاط مبارك. ومبارك الذي تعامل لأكثر من ثلاثين عاماً مع منصب النائب باعتباره «الورقة الرابحة المخبأة للحظة الأخيرة» خسر ورقته بعد أيام من الثورة التي أطاحت به، لتكون أبرز تصريحات مكي خلال الفترة الأخيرة مرتبطة بالرئيس المحكوم عليه بالسجن المؤبد، حيث قال إن حجج القاضي للحكم على مبارك ضعيفة والحكم متناقض، مبرراً ذلك بأن القاضي حكم على من أعطوا الأوامر بالمؤبد، وفي نفس الوقت تمت تبرئة من نفذ الأوامر من لواءات الداخلية، وأن نقض الحكم واستئنافه يعطيان مبارك البراءة. وبعد قضائه لقرابة 4 سنوات يعمل في دولة الكويت، عاد المستشار «مكي» لتصدر المشهد السياسي في مصر بعد اختياره نائباً للرئيس مرسي، ليصبحا على رأس الدولة التي سعيا قبل سنوات لإصلاح نظامها.
