طالب "مجلس شورى علماء مصر" الحكومة ب"عزل كل من يثبت تقاعسه وإهماله وتراخيه في الحفاظ على أمن البلاد، أو التأخر في معاقبة من تثبت إدانتهم في مثل هذه الأحداث". أبدى مجلس شورى العلماء في مصر أسفه للأحداث المؤسفة التي شهدتها مدينة بورسعيد وما تبعها، مطالبًا المسؤولين بضرورة "الأخذ على يد المتورطين" فيها، وعزل "كل من يثبت تقاعسه وإهماله وتراخيه في الحفاظ على أمن البلاد". وقال مجلس شورى العلماء؛ في بيانه السادس عشر تعليقًا على مجزرة بورسعيد: "ينظر مجلس شورى العلماء إلى الأحداث التي وقعت في بورسعيد أثناء مباراة الكرة بمزيد من الأسى والأسف، ويرى أنه لا يليق بأمة مسلمة أن يكون هذا حالها من العصبية والاستهانة بدماء الناس، ويُلح في تعقب الجناة والذين يقفون وراء هذا الحادث الأليم، ويرسل مجلس الشورى العزاء لأسر الضحايا، ويدعو الله لهم بالرحمة، وللمصابين بعاجل الشفاء". ووفقًا للبيان الذي نشرته شبكة "مفكرة الإسلام"؛ فقد دعا مجلس الشورى "المسؤولين إلى بذل المجهود لتهدئة الأجواء، والظهور إلى الناس وتعريفهم بالحقائق، والأخذ على يد المتورطين فيها، وسرعة تعريف الشعب بهم حتى لا يتوجه الغاضبون ومن يدفعهم أو يستفيدوا من الزج بهم في المواجهات العنيفة التي ينتج عنها التخريب والتدمير"، محذرًا من أن "السكوت والتراخي يعرض البلاد لمزيد من الاحتقان، ويعطي الفرصة لمن يريدون خراب هذا البلد أن يُشيعوا الفوضى والارتباك بين أبناء الوطن". وخاطب المسؤولين في الحكومة والجيش والشرطة بقوله: "إن الوقاية خير من العلاج، فلا يصلح أن يسقط كل يوم قتلى وجرحى ونكتفي بأن نقول: نعوض القتلى ونداوي الجرحى". وناشد مجلس شورى العلماء "العقلاء من أبناء هذا الوطن أن يحافظوا على وحدة بلادهم وأن يتكاتفوا من أجل تفويت الفرصة على الذين يريدون حرق هذا البلد وإغراقه في برك الدماء، وأن يتعاونوا مع مجلس الشعب الجديد بالمشورة والاتحاد حتى تعبر البلاد أزمتها بسلام". وشدد على ضرورة أن يعي المصريون تمامًا أن "هذه الأحداث بهذا الحجم ليست من طباعهم ولا من أخلاقهم، ومن الخطأ الفادح إعطاء هؤلاء المغرضين الفرصة لتنفيذ وإكمال مشروعهم التخريبي، وينبغي أن توقف هذه التجمعات الكروية حتى تستعيد البلاد قوتها فيما هو أهم من ذلك". كما حث مجلس الشورى اللجان الشعبية على "ألا تترك فرصة لوقوع مزيد من التخريب"، مضيفًا أنه "على الشرفاء من أبناء هذا الوطن التضامن لتخفيف آثار الكارثة؛ بأن يتبرعوا بما يستطيعون من أموالهم ودمائهم، ونوجه الشكر لكل من ساهم في حقن الدماء، وإنقاذ المصابين وتخفيف آلامهم". وأهاب مجلس شورى العلماء "بجميع المتظاهرين أن يحددوا موقعهم وموقفهم، فالموقع التحرير والموقف السلمية، وألا يقتربوا من المباني الحساسة، والتي يقف جنود الأمن حراسًا لها حتى لا يندس بينهم من يحاول قتل الجنود واستفزازهم، أو يحاول إحراق المنشآت وإشعال الفتنة، كما يحث المجلس أن تبذل الداخلية جهودًا ملموسة في الحفاظ على الأمن، فلا يليق أن تلقى إليهم هذه المسؤولية الضخمة ثم لا يتحملوها". وتأسس مجلس شورى العلماء في الخامس من ربيع الآخر لعام 1432 هجريًّا؛ على خلفية أحداث ثورة 25 يناير المصرية وما تبعها من أحداث، وهو يضم كوكبة من أبرز مشايخ مصر ودعاتها؛ حيث يترأسه الدكتور عبد الله شاكر، ويتولى الشيخ محمد حسان منصب نائب الرئيس، ويضم في عضويته كلاً من: الشيخ محمد حسين يعقوب، والشيخ سعيد عبد العظيم، والشيخ جمال المراكبي، والشيخ وحيد عبد السلام بالي، والشيخ أبو بكر الحنبلي، بالإضافة إلى عدد آخر من المشايخ.