التنظيمات السرية للإخوان قامت بعدة عمليات اغتيال لإرهاب منافسيها كان من بينها اغتيال أحمد ماهر رئيس الوزراءففى 24فبراير1945 حيث قام محمود العيسوى باطلاق الرصاص على رئيس الوزراء عبد الرحمن السندى عام 1946 عرض على حسن البنا اغتيال أمين باشا عثمان ولكن كان رد البنا مفاجأة حيث قال للسندى: لا تفعل فهناك من سيكفينا شره!!وشارك الإخوان وتنظيمهم الخاص فى تهريب حسين توفيق المتهم الأول فى قضية أمين عثمان لخارج مصر! -وفى يوليو 1946 حدث خلاف فى الرأى بين أفراد من جماعة الإخوان وبعض الأفراد ببورسعيد تحول إلى صدام مسلح استخدمت فيه القنابل والمسدسات من جانب الإخوان وأسفر عن مقتل أحد الخصوم. -وفى 01 ديسمبر تم ضبط مجموعة مسلحة تتدرب على استخدام القنابل بالاسماعيلية، وفى 3/21/1946 قام التنظيم بأهم عملياته، حيث قرر الهجوم على أقسام الشرطة وإلقاء القنابل الحارقة عليها وتمت العملية بنجاح تعجب له الجميع من حيث الدقة وميعاد ضرب الأقسام الذى حدث فى نفس التوقيت بدقة شديدة وكان من بين الأقسام التى تم ضربها أقسام عابدين والخليفة وإمبابة والموسكى والأزبكية والجمالية ومصر القديمة ونقطة السلخانة، وبعض نقط التفتيش الانجليزية، كل هذه المراكز والناقط تم ضربها فى وقت واحد ولم يقبض على أى فرد من الفاعلين. -وفى 9 ديسمبر من نفس العام 1946 وقعت محاولتان لاغتيال أحمد حسين هيكل زعيم حزب الأحرار الدستوريين ومحمود فهمى النقراشى زعيم حزب السعديين، بإلقاء قنابل حارقة على سيارة كل منهما!! -وفى 22 مارس 1948 قام محمود سعيد زينهم وحسن عبدالحافظ العضوان فى التنظيم الخاص بإطلاق الرصاص على القاضى أحمد الخازندار بأمر من عبدالرحمن السندى رئيس التنظيم. - انفجار فى حارة اليهود فى 10 يونيو1948، وكان من تخطيط وتنفيذ قسم الوحدات بقيادة صلاح شادى. - انفجار فى الممر الواقع بين محلات اريكو وشيكوريل أمام سينما مترو فى 20 يونيو 1948. - انفجار فى محل داود عدس فى شارع عماد الدين فى 28 يوليو 1948. - انفجار بمحلات بنزايون فى شارع قصر النيل 1 أغسطس 1948. - وفى 3 أغسطس 1948 وقع انفجار شديد فى شركة أراضى الدلتا بالمعادى. - وفى 22 سبتمبر1948 وقع انفجار آخر شديد فى حارة اليهود. - وفى 29 سبتمبر 1948 وقع انفجار بمخزن محلات شيكوريلك فى حملية الزيتون. - وقوع انفجار شديد جدا بشركة الإعلانات الشرقية بوسط البلد فى 22نوفمبر 1948. - اغتيال اللواء سليم زكى حكمدار العاصمة فى 4 ديسمبر 1948 أمام كلية طب القصر العينى. - اغتيال النقراشى باشا رئيس الوزراء فى ذلك الوقت داخل وزارة الداخلية - فى 28 ديسمبر 1948، وكان السيد فايز مهندس هذه العملية بالتعاون مع قسم الوحدات صلاح شادى. - فى 13 يناير 1949 محاولة نسف مقر محكمة الاستئناف والتى كانت تنظر قضية السيارة الجيب المتهم فيها مجموعة من التنظيم الخاص وعلى رأسهم عبدالرحمن السندى. - وفى مايو 1949 محاولة اغتيال إبراهيم عبدالهادى والتى تمت فى طريق الكورنيش عند مصر القديمة ولكن اخطأ المنفذون للعملية واطلقوا النار على موكب حامد جودة باشا رئيس مجلس النواب!! - هذه هى العمليات التى قادها التنظيم السرى للإخوان بوحداته المختلفة ضد الأهداف المدنية، وبعد قيام الثورة والخلاف بين حسن الهضيبى وعبدالناصر ومحاولة اغتياله فى المنشية بالإسكندرية، دبر الإخوان 12 محاولة لاغتيال عبدالناصر فى أعوام 1957، 1959، 1962، 1964