ارتكبت الشركة المنفذة لترميم جامع الظاهر بيبرس مخالفات بالجملة في حق الموقع الأثري الشهير، وذلك لاستخدامها الطوب الرملي "الوردي" مخالفة لبنود مشروع التصور المعماري الأثري المعتمد من اللجنة الدائمة للآثار الإسلامية والقبطية التي أقرت استخدام الطوب الأحمر في بناء العقود والدعامات. من جانبها، قررت اللجنة الدائمة للآثار الإسلامية والقبطية برئاسة الدكتورمصطفى أمين - الأمين العام للمجلس الأعلى للآثار- إزالة الدعامات الداخلية التي أجرتها الشركة. قال الدكتور أمين: إنه نظرا لعدم توافر الطوب الأحمر المتفق عليه للتنفيذ وقلة المعروض منه اتفق فريق الإشراف الأثري والهندسي بالموقع ومديرعام المنطقة الأثرية على استبدال الطوب الأحمر بالطوب الرملي الوردي وأقروا ذلك في محضر رسمي، وذلك مخالفة للوائح المتبعة بأنه كان يجب العرض على اللجنة الدائمة للآثار الإسلامية والقبطية لاستشارة أعضائها على استخدام الطوب الرملي كبديل للطوب الأحمر لبناء الحوائط والعقود. وتابع: إن اللجنة التي تم تشكيلها لمراجعة ما تم من أعمال ترميم أقرت بعدم استخدام الطوب الرملي لتعارض ذلك مع المبادئ الأساسية للترميم المعماري للأثر، التي تقضى باستخدام نفس طرق ومواد الإنشاء المطابق للأصل الأثري لضمان توافق الخواص الطبيعية والميكانيكية بين ما هو أثرى أصيل وجديد مستحدث. ولفت إلى أنه لم يتم استخدام الطوب الرملي الوردي في أي من مشروعات الترميم الأثري المعماري من قبل وتجربة البناء به في مشروع بأهمية مشروع ترميم جامع الظاهر بيبرس هو أمر مرفوض، أوضح أن خطة ترميم المسجد وضعت في الحسبان مشكلة المياه الجوفية المرتفعة بالجامع وترميم الأواوين والحوائط الخارجية والقبة بتكلفة تبلغ ما يقرب من 70 مليون جنيه من أجل إعادة المسجد إلي حالته كتحفة معمارية، لافتا إلى تقديم كازاخستان منحة قدرها 4.5 مليون دولار للمساهمة في ترميمه باعتبارها مسقط رأس الظاهر بيبرس، وتقدم قيمة المنحة على 3 مراحل. يذكر أن الظاهر بيبرس بدأ في بناء المسجد في العام 665 ه - 1266م وانتهى من بنائه عام 667 ه 1269 على مسافة 10 آلاف متر مربع، وقد أنشئ على نفس تخطيط مساجد العصر الفاطمي، ويتكون من صحن مكشوف يحيط به أربعة أروقة أكبرها رواق القبلة ويعد جامع الظاهر بيبرس من أشهر المساجد الموجودة بالقاهرة، شيد في عصر السلطان الظاهر ركن الدنيا والدين بيبرس البندقداري الصالحي، وإليه ينسب حي الظاهر بالقاهرة الموجود به الجامع.