أثارت الاستقالة المفاجئة للدكتور محمد البرادعي من منصبه كنائب لرئيس الجمهورية ردود أفعال واسعة، أغلبها كان غاضبا، وعبر معظم المراقبين والخبراء والمواطنين عن صدمتهم بسبب توقيت إعلان الاستقالة الحرج، وأن البرادعي – الذي كان يوصف ب "أبي الثورة المصرية" – اختار أن يبلغ وكالات الأنباء الأجنبية أولا، حتى إن تنفيذيين مصريين قالوا إنهم علموا بالاستقالة من وسائل الإعلام الغربية ! غالبية المعلقين هاجموا البرادعي، واصفين قراره بأنه هروب من تحمل مسئولية شارك فيها، وقفز من "المركب"، وأنه "لم يستشر أحدا" حسب قول "تمرد" و"جبهة 30 يونيو"، واتهموه بمحاولة تجميل صورته في الخارج على حساب مواطنيه في الداخل.. مؤكدين أنه الخاسر الأكبر بهذا الموقف؛ حيث قضى – بنفسه – على البقية الباقية من شعبيته، وأكبر دليل هو خروج المئات من أعضاء حزبه "الدستور"؛ احتجاجا على الاستقالة وتوقيتها ونصها. الدكتور حازم عبدالعظيم - الناشط السياسى – حذر من أنه سيتم استخدام الاستقالة في الخارج ضد ثورة 30 يونيو، وهو ما ظهر في مانشيت "إندبندنت" اليوم: "يوم العار في مصر". ووجه نشطاء "فيس بوك" و"تويتر" سؤالا محرجا للبرادعي: "لماذالم تقدم استقالتك من وكالة الطاقة الذرية حينما أصرت الولاياتالمتحدة على عدم الأخذ برأيك وقامت بضرب العراق وكان هناك العديد من البدائل السلمية؟! البعض – مثل الكاتب الصحفى مصطفى بكري – يذهبون إلى ما هو أبعد، باتهام البرادعي بالسعي لحكم مصر عن طريق الإسلاميين وبالترتيب مع الإخوان، موضحا أن د.محمد البرادعى اتفق مع جماعة الإخوان على إدارة اللعبة حيث يتولى الإخوان الداخل وهو يتولى الخارج والهدف الوطن. وقال بكرى فى تصريحات له على صفحته الشخصية بموقع التواصل الإجتماعى فيس بوك: "الاتفاق تم بين الإخوان والبرادعى، هو ترشيح البرادعي لرئاسة الجمهورية تحت زعم الضغط الشعبي وساعتها يعود الإخوان من جديد، خاصة أن أمريكا ليست ضد المخطط وهي تخاف السيسي وتتآمر لإفشاله وغل يده". وأضاف بكرى: "من أجل هذا المخطط راح البرادعي يعرقل تنفيذ خطة إنهاء الاعتصام ليضع الشعب وجها لوجه مع السيسي والجيش ويخدم الإخوان ويدفعهم إلى مزيد من الفوضى, مشيراً فى الوقت ذاته إلى أن البرادعي استدعى الأجانب وفتح لهم الطريق للزيارات والسجون والحوارات واستباحة البلد ليساعدوه في مخططه وليضغطوا للإفراج عن مرسي وجماعته وإغلاق الملفات". ولعل مما يدعم هذا الاتجاه تصريحات البرادعي ل "واشنطن بوست" التي استفز بها مشاعر الملايين ممن خرجوا يومي 30 يونيو و26 يوليو، والتي طالبت بالإفراج عن المعزول مرسي، ما لم يكن متهما في قضايا جنائية. مشاعر الملايين ممن كانوا ينظرون للبرادعي بإعجاب، وكيف تحول الإعجاب إلى إنكار، ونفور، تلخصها كلمات لشاب مصري على "فيس بوك"، قال: أصبحت أتعجب من مؤيدي الدكتور البرادعى - وكنت منهم حتى قبل الثورة بيوم واحد - لا يقبلون اى نقد اطلاقا عليه وكأنه الموحى اليه ولا يخطئ.. للعلم البرادعى هو بالفعل من حرك المياه الراكدة تجاه التغيير ولكن فقط بالاحاديث الصحفية والإعلامية، ولأنه شخصية دوليه مرموقة كانت تسلط عليه الاضواء، ولا تسلط على غيره فبالتالى كان الملهم لمؤيديه وكنت انا منهم.. كنت رقم 703 فى الموقعين على بيان التغيير من اصل مليون ومائة ألف توقيع.. وكنت اضع صور الدكتور على واجهة بروفايلى، ولكن البرادعى لم يضح بالغالى والنفيس من اجل هذا التغيير.. والدكتور حسن نافعة – أستاذ العلوم السياسية والمنسق العام الأسبق للجمعية الوطنية للتغيير – يلخص الموقف بأنه كان يتمنى أن يجرب الناس د. البرادعي في موقع تنفيذي حتى يعرفوه على حقيقته.. حيث كان هو قد خبره تماما، وفضل الابتعاد عنه.. فهو "الهارب باستمرار"، "المناضل بالكلمات فقط"، "الناظر دوما لنفسه في مرآة الغرب".