دعت منظمات حقوقية إلى تشكيل لجنة مستقلة من عناصر قضائية ومؤسسات المجتمع المدني بصلاحيات واسعة، تتولى استجواب أفراد من القوات المسلحة، للنظر في أعمال القتل خارج نطاق القانون ليلة 9 أكتوبر 2011 بمنطقة ماسبيرو. وتتولى اللجنة كشف الحقيقة بشأن مجموعات ترتدي الزي المدني اشتركت في الاشتباكات، وهو المشهد الذي بات يتكرر كلما توترت الأجواء السياسية بين تجمعات الاحتجاج السلمية، وبين القائمين على إدارة البلاد، والتحقيق فى ملابسات الدعاوى التحريضية في الإعلام الرسمي ضد الأقباط، على أن تعلن اللجنة نتائج تحقيقاتها في مدة أقصاها ثلاثة أسابيع في مؤتمر صحفي، محددة الجناة والإجراءات القانونية واجبة التفعيل في هذا السياق حتى يحال جميع من يثبت تورطهم فيها، بمن فيهم ضباط وأفراد الجيش والشرطة إلى القضاء، كما حملت المجلس الأعلى للقوات المسلحة والحكومة مسؤولياتهما الدستورية والقانونية في تأمين الاحترام الواجب للقانون من قبل جميع المواطنين والجماعات، وفي توفير مقتضيات الأمن الإنساني لجميع المواطنين بصفة عامة، والتخلي عن ازدواجية المعايير، والتطبيق الصارم للقانون حيال مرتكبي جرائم العنف الطائفي والاعتداءات على دور العبادة. وأشارت المنظمات - فى تقرير لها - إلى أن التحريض الإعلامي في أحداث ماسبيرو وصل إلى درجة غير مسبوقة، تنذر بتفاقم أزمة العنف الطائفي التي أوضحت تقارير وتوصيات للمجلس القومي لحقوق الإنسان ولجهات مستقلة أخرى، أجرت العديد من التحقيقات وقامت بتقصي الحقائق في حوادث العنف الطائفي وقدّمت العديد من التوصيات التي تجاهلتها السلطتان السابقة والحالية، أن السبيل الأول إلى العلاج والحلّ يبدأ من الدولة، وقالت: إننا نؤكد أنه ما زال بإمكان الدولة نزع فتيل العنف الطائفي والنجاة بالبلاد من الانزلاق إلى مأساة حرب أهلية تلوح نذرها في الأفق؛ بشرط توافر الإرادة السياسية اللازمة، وبتبني سياسات تعلي من وتحترم سيادة القانون العادي غير الاستثنائي، وعدم التمييز بين المواطنين، وترسّخ قيم المواطنة وأسس العدالة والمساواة. وأدانت المنظمات فى تقرير لها أحداث العنف والقتل خارج نطاق القانون غير المسبوقين على يد قوات الشرطة العسكرية وقوات الأمن المركزي ضد متظاهرين سلميين مؤيدين لحقوق المواطنين الأقباط في منطقة ماسبيرو وسط القاهرة يوم التاسع من أكتوبر الجاري، والتي راح ضحيتها ما لا يقل عن 25 قتيلاً و300 مصاب، بعضهم في حالة حرجة، والقبض على عدد غير محدد من المتظاهرين والأفراد والتحقيق معهم أمام القضاء العسكري، وتطالب المنظمات بتشكيل هيئة تحقيق مستقلة لا استثنائية، وترفض أن تتولى النيابة العسكرية التحقيق في القضية باعتبارها جزءً من المؤسسة العسكرية التي يتهمها مصابون ومتظاهرون بالقتل، والتي لا يمكن اعتبارها طرفًا محايدًا في هذه القضية، كما انتقدوا تخلى التليفزيون الرسمي للدولة عن المهنية وإذاعة أخبار عن إطلاق المتظاهرين الأقباط أعيرة نارية على جنود القوات المسلحة تسببت في قتل ثلاثة جنود وإصابة العشرات، دون الإشارة إلى الضحايا من المتظاهرين اللذين تم تجاهلهم تماما، كما بلغ انعدام المسؤولية لدى القائمين على الجهاز الإعلامي الرسمي إلى حد أن أذاع التليفزيون نداءً تحريضيًا موجهًا للمواطنين المصريين للنزول إلى الشارع وحماية الجيش من "اعتداءات المتظاهرين الأقباط". ورصدت المنظمات عبر لقطات الفيديو وشهادات شهود العيان على جريمة ماسبيرو أن الشرطة العسكرية والأمن المركزي قاما بتفريق المتظاهرين عن طريق استخدام المدرعات في دهسهم وإطلاق الأعيرة النارية عليهم، وقام المتظاهرون برشق أفراد الأمن بالحجارة وإحراق مدرعة تابعة للجيش، ثم قام الجانبان بتبادل التراشق بالحجارة، واتخذت الأحداث منعطفًا آخر عندما انضم لصفوف الجيش في هجومها على المتظاهرين حوالي الساعة التاسعة مساءً مواطنين بزي مدني، وتواردت الشهادات بأنهم من الأهالي المسلمين من منطقتي بولاق أبو العلا وغمرة، واستمرت عمليات الكر والفر وإطلاق الغاز المسيل للدموع والأعيرة النارية من أفراد الجيش والشرطة حتى ساعة متأخرة من المساء، كما ألقت الشرطة العسكرية القبض على عدد غير محدد من الأشخاص في نفس اليوم، وقررت النيابة العسكرية حبسهم خمسة عشر يومًا على ذمة التحقيق. وانتقدت أيضا كلاً من المجلس العسكري والحكومة بسبب توصيفهم لأحداث القتل باعتبارها اشتباكات بين مجموعتين من المسلمين والمسيحيين و"عناصر خارجية" لم يحددا هويتها، وتجاهلا تورط ضباط وجنود القوات المسلحة التي يشير شهود العيان وتشير التقارير وكاميرات التلفزيون إلى مسؤوليتهم المباشرة عن مقتل المتظاهرين، وبدلاً من أن يفتح المجلس العسكري تحقيقًا بشأن تغطية الإعلام الرسمي للأحداث فإنه أشاد بحياديته، وتجاهل مسؤوليته في دعوة المواطنين للنزول لحماية الجيش، مما شكل تحريضًا مباشرًا على الاشتباكات الطائفية، وهو ما يؤكد عدم توافر الإرادة السياسية لدى المجلس العسكري والحكومة لإحداث قطيعة مع سياسات نظام مبارك الأمنية التي فاقمت من المشكلة الطائفية، وجعلت من الأقليات الدينية وممتلكاتها ودور عبادتها أهدافًا مستباحة لصنوف شتى من الاعتداءات دون محاسبة. ومن المنظمات الموقعة على هذا التقرير كل من "مركز القاهرة لدراسات حقوق الإنسان، والمبادرة المصرية للحقوق الشخصية، والجمعية المصرية للنهوض بالمشاركة المجتمعية، والشبكة العربية لمعلومات حقوق الإنسان، ومؤسسة المرأة الجديدة، والمجموعة المتحدة محامون و مستشارون قانونيون، والمركز المصري للحقوق الاقتصادية والاجتماعية، ومركز النديم لتأهيل ضحايا العنف والتعذيب، ومركز أندلس لدراسات التسامح ومناهضة العنف، ومصريون ضد التمييز الديني".