نفي المهندس محمد الظواهري القيادي في تنظيم الجهاد وشقيق زعيم تنظيم القاعدة أيمن الظواهري وجود ما يسمى بقاعدة الجهاد في مصر، مشيرًا إلى أن أعضاء الجهاد وحركاتهم معروفين في مصر، مضيفًا أن معظم جماعات الجهاد في الأصل لا تقر بالدكتور مرسي رئيسًا لمخالفت انتخابه الطريقة الشرعية، فكيف تقول هذه الجماعة أنه أمير المؤمنين فضلاً على تأكيدهم على حمايته، في ذكرى الثورة القادمة. وأكد الظواهري في تصريحات "للمشهد" أن الهدف من البيان الصادر مما يسمى (قاعدة الجهاد في مصر) الزج باسم جماعات الجهاد ومحاولة تشويه صورتهم، أمام الرأي العام الداخلي والدولي. كانت جماعة 6 إبريل نشرت في بيانل ها اليوم (الأربعاء) بيان لجماعة تسمي (قاعدة الجهاد في مصر) تعتبر الرئيس مرسي أميراً للمؤمنين، وتهدد معارضية بالمساس له أو لحزبه.