اسباب مرض التوحد فى كل عام يتم وضع فروض جديدة بشأن أسباب هذا الاضطراب لعدم اقتناع العلماء بكفاية أو بصحة ما سبق التوصل إليه بهذا الشأن. و كالمعتاد يتم اختبار صحة تلك الفروض فيتضح خطأ بعضها (مثل افتراض أن برودة عاطفة الأم، مع صرامة الأب و جديته هما سبب إصابة الابن بذلك الاضطراب)، فى حين يتضح صحة فروض أخرى بدرجة مرتفعة أو منخفضة من الدلالة الإحصائية، من بينها الأسباب الآتية: 1- الاختلالات البيولوجية المرتبطة بالجهاز العصبي، و يؤكد صحة ذلك أن حوالي 25% من التوحديين لهما تاريخ مرضى يتضمن نوبات صرعية، كذلك فإن ما بين 10 – 83% منهم لديه خلل فى كهرباء المخ. و أن ذلك الاضطراب تصاحبه علامات غير طبيعية فى خلايا بالمخ تسمى ب"خلايا بيركنج"، يضاف إلى ذلك أن كثيراً من التوحديين قد عانوا خلال عملية توليدهم من نقص فى كمية الأكسجين الواصل إلى المخ لأسباب متنوعة. 2- الأسباب الجينية (الوراثية) فرغم أنه لم يمكن حتى الآن تحديد المورث (الجين) المسئول عن نقل هذا الاضطراب من جيل إلى جيل، لكن ظهرت قرائن على صحة هذه الفرضية وهى أنه إذا أصاب التوحد واحداً من التوائم المتطابقة (identical twins) فإنه لابد أن يظهر أيضاً فى توأمه (المشترك معه فى البويضة والحيوان المنوي المخصب لها) كذلك فإن 2 – 9% من التوحديين لهم إخوة توحديون أيضًا. 3- الأسباب البينية ذات التأثيرات البيولوجية – النفسية على الأجنة و المواليد و الرضع وهذا يشمل الأدوية التي تناولتها الأمهات خلال الحمل، والظروف الغذائية والنفسية التي صاحبت ذلك الحمل ثم الإرضاع . 4 – الأسباب المرضية، حيث لوحظ زيادة احتمال حدوث التوحد للأطفال المصابين بأمراض معينة دون غيرهم من الأطفال، مثل المصابين باضطراب "الفينول كيتون يوريا/p.k.u" والحصبة الألمانية الولادية "congenital rubella"وزملة هشاشة الكروموسوم (x). 5- الأسباب المعرفية، حيث يعانى من ضعف فى القدرة على الانتباه واستقبال المعلومات المتضمنة فى المثيرات الكثيرة والمتنوعة من حولهم، مع نقص فى القدرة على تحليل المعلومات التي تصلهم وعلى فهم مضامينها، مع نقص فى المرونة فى معالجتها للإفادة منها فى تطبيقات مفيدة.وأتضح أن حوالي 75% من التوحديين لديهم تخلف عقلي بدرجات متفاوتة، بجانب نقص فى القدرة على تحقيق تفاعلات اجتماعية ناجحة، وهنا يظهر سؤال هام: هل هذا كله سبب فى حدوث اضطراب التوحد لديهم؟ أم أنه نتيجة لإصابتهم أصلاً بذلك الاضطراب؟ أم هى مظاهر تلازم فى ظهورها حدوث ذلك الاضطراب يتسبب فيها . 6- ظل الدارسون لفترة طويلة إبان الخمسينات والستينات من القرن الماضى يربطون بين التوحد والمستوى المعيشى المتميز للأثرياء والمثقفين ثقافة عالية، لكن الإحصاءات الدقيقة أثبتت خطأ هذا الرابط وأكدت أن نسبة وجوده بين كل الطبقات الاجتماعية. مما سبق يتتضح أنه لا يوجد سبب معروف لهذا النوع من الإعاقة، لكن الأبحاث الحالية تربطه بما يلي : بالاختلافات البيولوجية و العصبية للمخ. لكن الأعراض التي تصل إلى حد العجز وعدم المقدرة علي التحكم في السلوك والتصرفات يكون سببها خلل ما في أحد أجزاء المخ. أو أنه يرجع ذلك إلى أسباب جينية، لكنه لم يحدد الجين الذي يرتبط بهذه الإعاقة بشكل مباشر. كما أن العوامل التي تتصل بالبيئة النفسية للطفل لم يثبت أنها تسبب هذا النوع من الإعاقة. ويظهر التوحد بين هؤلاء الذين يعانون من مشاكل صحية أخرى مثل: fragile x syndrome. tuberous sclerosis -congential rubella syndrome. phenylketonuria إذا لم يتم علاجها. تناول العقاقير الضّارة أثناء الحمل لها تأثير أيضاً. وهناك جدل آخر حول العلاقة بين لقاح (إم.إم.آر) والإصابة بإعاقة التوحد. و قد يولد الطفل به أو تتوافر لديه العوامل التي تساعد على إصابته به بعد الولادة ولا يرجع إلى عدم العناية من جانب الآباء.