قال الدكتور حسام المغازى وزير الموارد المائية والري، أن العلاقات الثنائية في مجال الموارد المائية والرى بين مصر وجنوب السودان، قد بدأت بتوقيع مذكرة تفاهم بين البلدين في مجال الموارد المائية في أغسطس 2006 بمنحة مصرية قدرها 26.6 مليون دولار لتنفيذ حزمة من المشروعات التنموية التي تعود بالنفع المباشر على مواطنى جنوب السودان الشقيق. وأشار الوزير إلى أن مشروعات التعاون الفنى مع جنوب السودان حققت العديد من النجاحات حيث تم تنفيذ مشروع تطهير المجارى الملاحية بحوض بحر الغزال، كذلك انشاء المراسى النهرية تمثل أهميتها الإستراتيجية في ربط المدن والقرى الرئيسية بجنوب السودان ملاحيًا وذلك للعمل على تسهيل نقل البضائع والركاب بما ينعكس ايجابيًا على الأحوال الاجتماعية والاقتصادية لشعب جنوب السودان فضلًا عن تحسين الأحوال البيئية والأحوال الصحية. وأضاف المغازى، أن المشرعات شملت أيضا حفر وتجهيز 30 بئرا جوفية مزودة بمجمعات لتأمين مياه الشرب النقية لنحو 500 ألف مواطن جنوبي لتوفير مياه الشرب النقية للاستخدامات المنزلية والثروة الحيوانية، إضافة إلى مشروع تأهيل محطات قياس المناسيب والتصرفات بدولة جنوب السودان بهدف توفير كل البيانات والمعلومات الخاصة بمشروعات التنمية في جنوب السودان، بالإضافة إلى انشاء محطة رفع في مدينة "واو" لتوفير الاحتياجات المائية للاستخدامات المنزلية والثروة الحيوانية للتجمعات السكانية القريبة من المجارى المائية والذي يجرى حاليًا البدء في تنفيذها من قبل شركة المقاولون العرب.