قال الدكتور هشام عرفات وزير النقل: إن سبب الحادث هو إهمال متراكم منذ سنوات، وأن حادث اليوم منفرد من نوعه، هو خروج لعدد من عربات القطار عن المسار؛ بسبب خطأ في التحويلة، وأنه سيتم تحليل الصندوق الأسود للقطارات؛ لمعرفة أسباب الحادث. وأكد وزير النقل، أن بقاء هيئة السكك الحديدية بوضعها الحالي ستشهد العديد من حوادث القطارات، ولذلك لا يمكن السكوت على البنية الأساسية الحالية للسكك الحديدية، ولا يجب إلقاء اللوم على العنصر البشري فقط، أو غياب الصيانة لتهدئة الرأي العام. وأضاف في مداخلة هاتفية لبرنامج «كل يوم» تقديم الإعلامي عمرو أديب، المذاع على فضائية «أون إي»، أن خط المناشي لم يكن موضوعا على خريطة تطوير السكك الحديدية، موضحا أنه تم تشكيل لجنة تضم بعض المتخصصين واثنين من كلية الهندسة؛ لمعرفة أسباب الحادث.