كشفت مصادر قضائية أن تحقيقات نيابة أمن الدولة العليا التى أجراها المستشار تامر الفرجانى المحامى العام الأول، مع المتهمين بقتل النائب العام الشهيد المستشار هشام بركات، استمرت على مدار يومين، واستغرقت التحقيقات والمواجهات بين المتهمين وضباط الأمن الوطنى نحو 20 ساعة متواصلة، وتم حبس المتهمين فى حجز نيابة أمن الدولة تحت حراسة أمنية مشددة. وبحسب المصادر، اعترف المتهمون بأدق تفاصيل العملية الإرهابية، وجاءت اعترافاتهم مطابقة لتحريات الأمن الوطني، وتولت أجهزة سيادية جمع المعلومات الخاصة بالمتهمين خارج البلاد. واعترف المتهمون، خلال التحقيقات، بتورط عدد آخر من الإرهابيين، وأرشدوا عن مسجلين جنائيين تم تجنيدهم للعمل فى رصد تحركات قوات الأمن، مشيرين إلى أن سايس سيارات اشترك فى العملية الإرهابية عن طريق التعاون معهم وتوفير معلومات عن موعد تحرك الموكب وخط السير، مقابل مبالغ مالية، تم رصد تحويلات بنكية بها من الخارج. وأشارت المصادر إلى أن المتهمين أثناء التحقيقات كانوا على درجة عالية من الثبات وضبط النفس، وتم سحب الاعترافات منهم فى عدم وجود ضباط الأمن الوطنى الذين استخدموا مع المتهمين أسلوب «الفكر بالفكر»، خلال مواجهتهم بالأدلة. وأكدت المصادر أن المتهمين تم تجنيدهم بواسطة عناصر مخابراتية وجرت لهم عملية «غسل مخ» كاملة، وترسيخ لمعتقدات تكفيرية على مدار سنوات انضمامهم لجماعة الإخوان، وأن المتهمين غير مدركين للجرائم التى ارتكبوها ويعتبرون سفك الدماء «جهادًا فى سبيل الله وجزاؤه النعيم فى الدنيا أو نيل الشهادة». ولفتت المصادر إلى أن قطاع الأمن الوطنى قدم للنيابة العامة فيديوهات عن رحلات تم تنظيمها فى عهد الرئيس المعزول محمد مرسى إلى قطاع غزة، وكان المتهمون ضمن أفراد تلك المجموعات التى سافرت إلى غزة، وكان من بين الأدلة التفاصيل الكاملة لتلك الرحلات التى كان يتم تنظيمها بهدف تدريب تلك العناصر عسكريًا ليتولوا قيادة الشرطة الموازية لجماعة الإخوان وتنظيم «الجيش الإخواني» فى حال استمرار مرسى فى الحكم، وبعد عزله تم استخدام تلك العناصر المدربة سابقًا وإعادة تدريبهم على صنع المتفجرات لتتم الاستفادة منهم عسكريًا. واستندت نيابة أمن الدولة العليا فى تحقيقاتها إلى سماع أقوال عدد من شهود إثبات فى هذه الوقائع من رجال الشرطة والمصابين والموجودين بأماكن الأحداث ومنهم مصابون خلالها، وتمكنوا من مشاهدة المتهمين أو أصيبوا بأسلحة نارية استخدموها أو غير ذلك، واستمعت النيابة لأقوالهم، التى أكدت وجود المتهمين وتنفيذهم لتلك الوقائع. وقالت المصادر إن النيابة العامة انتقلت بصحبة فرق من وحدة الإرهاب الدولى والحماية المدنية وخبراء المفرقعات إلى الشقة مقر وكر المتهمين فى الشرقية، وتم تفكيك دوائر وشرك خداعية، كما حرزت مفرقعات وقنابل شديدة الانفجار وأجهزة وأدوات تستخدم فى تفجيرها لوحات إلكترونية ودوائر تفجير كهربائية وأجهزة تحكم عن بعد متصلة بهواتف محمولة للتفجير.