دخل بنك الاستثمار القومى في صراع مع وزارة الاستثمار وشركاتها القابضة حول مديونيات الشركات التي قامت القوابض بتصفيتها دون سداد مديونياتها للبنك. وأكد مصدر مسئول للبوابة أن مديونية إحدى شركات القابضة المعدنية تحت التصفية بلغت 711 مليون جنيه قروضا وفوائد، منها 84 مليونًا عوائد مستحقة قام البنك بتعليتها بالحسابات الدائنة على الرغم من موافقة مجلس إدارة البنك على تسوية المديونية طبقا للحكم القضائى الصادر في يناير 2007 بإلزام الشركة بسداد167 مليون، وقامت الشركة بسداد 102 مليون خلال الفترة من 2007 وحتى 2010. وأكد المصدر أن البنك مازال يضيف عوائد بلغت 11 مليونًا على إحدى شركات القابضة الكيماوية حتى بلغ الرصيد 91 مليون جنيه بالرغم من إخطار القابضة للبنك أن الشركة تم الانتهاء من تصفيتها وإلغاء السجل التجاري الخاص بها منذ 2004 واستغراق المصروفات لكافة الإيرادات المحققة مما يتعذر سداد مستحقات الدائنين إلا أن البنك أقام دعوى ضد القابضة والمصفى للمطالبة بمديونية 71 مليونًا على اعتبار أن القابضة كانت ضامنا للقرض.