يعتبر قدس الاقداس أهم أجزاء المعبد، وهو "مقصورة المعبود" التي تُعرف باسم "ست ورت بمعنى العرش الكبير، الموضع العظيم، وهو يطلق على عرش الملك حيث يقدم للمعبود شعائر التعبد والقرابين. تمثال المعبود الناووس الذي كان يتم الحفاظ على تمثال المعبود باستخدام الناووس وكان يتناسب حجمه مع حجم التمثال. ولقد جُعل وسط قدس الأقداس قاعدة ليستقر عليها الناووس أو الزورق المقدس. وقد تنفصل حجرة قدس الأقداس عن حجرة الزورق المقدس كما في معبد "الأقصر". مساكن المعبودات ويرى "أرنولد" باحث اثرى أن مساكن المعبودات كانت تشتمل على حجرة للتمثال حيث يقيم فيها، وحجرة أخرى لمائدة القرابين حيث ينادي على المعبود ليتناول وجباته الغذائية، وحجرة ثالثة كبيرة نسبيًا خصصت للزورق المقدس الذي كان المعبود يستعمله في تنقلاته الخارجية (في الأعياد والاحتفالات). وقد اعتبر المصري القديم تمثال المعبود في قدس الاقداس "سرًا أكبر من الأسرار الخاصة الموجودة داخل السماء، وسرًا أكبر من الأسرار الخاصة بالعالم الآخر، ومختفيًا أكثر من سكان العالم الأزلي". وكان يتم توفير خدمة يومية في المعبد، ولم يعتقد المصرى القديم أن التمثال هو المعبود، ولكنه اعتقد أنه من خلال طقوس معينة تتقمصُ روحُ المعبودِ في تمثالِه، وغالبًا ما يشتمل المعبد على مقاصير بعدد الأرباب والربات الذين يُعبدون فيه، وكانت المقاصير في الغالب ثلاثة للثالوث المقدس في المعبد. صرح المعبد يبدأ صرح المعبد حتى قدس الأقداس. ارتفاع الارضيات بالتدريج ابتداء من بهو الأساطين، وحتى قدس الأقداس. وايضًا يكون سقف قدس الأقداس هو أقرب ما يكون من الأرضية، فهو أكثر انخفاضًا من باقى أجزاء المعبد. هكذا فالفناء المكشوف يغمره الضوء في النهار، ويعقبه ضوء خافت في بهو الأساطين، وظلام مقصود في الحجرات الخاصة بالرب الذي يُعبد في المعبد. وربما كان الهدف من ذلك بعث الرهبة والخشوع والإحساس بالغموض في نفس أي شخص يدخل إلى هذا المكان المقدس. أجزاء المعبد الرئيسية وكانت جميع أجزاء أو أقسام المعبد الرئيسية تقام على محور واحد يتوسطه طريق يبدأ من مدخل المعبد حتى يصل إلى قدس الأقداس، لتحقيق السهولة لوصول موكب المعبود ويحمل على أكتاف الكهنة إلى خارج المعبد، أو إلى داخله. وضع التمثال وأيضًا من التقاليد الدينية لبعض الأرباب، مثل "آمون" أن التمثال المقدس كان يوضع في مقصورة داخل زورقه المقدس، وكان يُحمل أيضًا على أكتاف الكهنة مصحوبًا بكبار رجال الدولة، وذلك في مواسم وأعياد معلومة سنتعرض لها تفصيلًا في فصل لاحق. وتعرف الطقسة الخاصة بالدخول إلى قدس الأقداس باسم (الطلعة الملكية).
