يطلق المفكر يوسف زيدان ما بين الحين والآخر التصريحات المثيرة للجدل، والتي تتسبب في أزمات كثيرة. رصدت "البوابة نيوز" عددا من الاتهامات التي وجهت إلى زيدان من جهات مختلفة داخل وخارج مصر. 1- اتهمه المفكر الفلسطيني عبدالقادر ياسين بالكفر عندما نفى وجود أي مقدسات إسلامية أو مسيحية في القدس الشريف وأن الإسراء والمعراج لم يكن إلى المسجد الأقصى المعروف الآن، وجاء حديث زيدان في حلقة من حلقات الإعلامي عمرو أديب. 2- أغضب الكنيسة الأرثوذكسية المصرية بعد إصداره لرواية عزازيل. 3- اتهمه الشيخ أسامة القوصي باعتناق فكر المعتزلة لإنكاره الإسراء والمعراج وطالبه بضرورة الاعتذار عن تصريحاته. 4- اتهمه العديد من المثقفين بتزوير التاريخ حينما أكد أن مذبحتي صابرا وشتيلا نفذهما العرب قائلًا: "ناس غير يهود قتلت ناس غير يهود ما شأننا"، وجاء ذلك خلال أحد لقاءاته بساقية الصاوي. 5- اتهمه مجمع البحوث الإسلامية بازدراء الأديان في 2013 عقب إصدارة اللاهوت العربي وأصول العنف الديني. 6- اجتمع "الأزهر والكنيسة" على تكفير يوسف زيدان. 7- الشاعر محمد ثابت، مؤسس شعبة الفصحى باتحاد كتاب مصر، يطلب من مجلس إدارة الاتحاد، التدخل واتخاذ اللازم نحو الكاتب يوسف زيدان، عضو الاتحاد لما بدر منه من تصريحات في أحد البرامج التليفزيونية ينكر فيها الإسراء والمعراج والمقدسات المسيحية.