شهدت لجنة المقومات الأساسية للدستور، والمنبثقة من لجنة الخمسين لتعديل الدستور، جدلاً بين ممثلي الأزهر وبعض أعضاء اللجنة حول المادة الرابعة الخاصة بالأزهر الشريف، والتي تنص على أن “,”الأزهر الشريف هيئة إسلامية مستقلة جامعة يختص دون غيره بالقيام على كافة شئونه“,”. واقترح بعض الأعضاء، نقل المادة من باب المقومات الأساسية، بينما اتجه البعض الى تعديل الصياغة ليصبح “,”الأزهر هيئة علمية إسلامية مستقلة“,”، بدلاً من هيئة إسلامية، وهو ما وافق عليه ممثلو الأزهر. ومن جانبه دعا د. سعد الدين الهلالي أستاذ الفقه المقارن بجامعة الأزهر، لتحديد مفهوم هيئة الأزهر قائلاً: “,”عضو هذه الهيئة الشيخ يوسف القرضاوي الذي يقوم بمهاجمة الجيش ليل نهار“,”. كما شهد الاجتماع، جدلاً حول مدى خضوع الأزهر للأجهزة الرقابية، وهو ما رد عليه الدكتور أسامة الأزهري العضو الاحتياطي، قائلاً “,”إن الأزهر الشريف كيان مستقل وله ميزانية خاصة به“,”.