يعد قطاع النقل النهري أقل قطاعات وزارة النقل بريقا وتسليطا للضوء من قبل الإعلام لما يعانيه من تدهور مستمر وانحسار لدوره فى الحياة الاقتصادية والسياسية رغم انخفاض تكلفته، وقدرته على توفير الوقت وتخفيف الزحام ورفع العبء المتزايد على شبكة الطرق وقد وصل تدهور استخدام النيل فى النقل حتى أصبح أقل قطاعات الوزارة نشاطا حتى وصل إلى 1% حاليا فقط من حجم المنقولات وتناقص عدد المراسى الموجودة حاليا حتى وصل 48 ميناء ومرسى، و13 هويساً فقط تتم إدارة جزء منها بمعرفة وزارة النقل، والباقى بمعرفة وزارة الرى. وكانت الهيئة العامة للنقل النهري قد أنشئت عام 1979 بصدور القرار الجمهورى رقم 474 سعيا من الحكومة لتحقيق الاستخدام الأمثل لنهر النيل، ومحاوله استرجاع فرص الاستثمار فيه التى قلت بإنشاء السد العالى وانحسار منسوب نهر النيل فى ستينات القرن الماضي. كما سعت وزارة النقل لأن تعيد الحياة للنقل النهري وأن تربط مصر بدول حوض النيل عبر خطوط نهرية لنقل البضائع بما يوفر وسيله نقل امنه وسريعه ومنخفضه التكاليف، من خلال عقد اتفاقيه مع دول حوض النهر تضمن تدفق المياه فى النهر بشكل كافٍ لتحريك السفن ، بما يضمن سهولة تصدير البضائع من خلال النهر مباشرة. ويطالب الخبراء وزارة النقل بوضع استخدام نهر النيل فى النقل، على رأس أولوياتها، خصوصا مع تكلفته المنخفضه ومساهمته فى تخفيف الزحام وتخفيف العبء على الطرق، بالإضافة إلى توفيره الوقت. قال عبدالقادر لاشين خبير النقل السابق فى الاممالمتحدة، إن النقل النهرى فى مجال البضائع لا يحتاج أكثر من عنصرين، إذا أرادت مصر تفعيله بسرعة، هما فصل المسؤولية المشتركة للنهر بين وزارتى النقل والري، وعمل خرائط ملاحية تحدد تحركات الوحدات النهرية. وأوضح قائلا: إن توزيع المسؤولية بين الوزارتين أضر باستغلال النهر بالشكل الأمثل حيث توسع المصريون فى استغلال ماء النهر فى الزراعة، وهو ما انعكس سلبا على كمية المياه عند نهاية النهر بالوجه البحرى، بما يؤثر سلبا على العمق المناسب للنقل النهرى، ويضاف لذلك أنه بعد إنشاء السد العالى أصبحت مياه النيل «رائقة» لأن السد حجب الطمى، وبدأت مياه النهر تنحر مناطق، وترسب ما نحرته فى مناطق أخرى، وهو ما أدى إلى تكوين جزر حول النهر مما أثر سلبا على تدفق المياه وعمقها. وأضاف أنه يجب عمل خرائط ملاحية تحدد تحركات الصنادل بدقة فى النهر، بما يساعد فى تجنب أزمات النهر الحالية، "التى تعتمد حاليا على خبرة قائد الوحده النهرية، الأمر الذي يعرضه للحوادث" على أن تحدد الخرائط ايضا وقت التحرك بساعات النهار، حتى يتمكن القائد من رؤية تلك الجزر، حيث يحتاج التحرك ليلا لتوفير وسائل إضاءة مناسبة للطريق النهرى. وأكد لاشين أن تنشيط النقل النهرى سيؤدى إلى توفير عدد كبير من فرص العمل، كما أنه سيوفر عملات صعبة، من خلال تقليل الاعتماد على وسائل النقل الأخرى، لافتا إلى أن النقل عبر نهر النيل يستهلك ثلثى كمية الوقود التى تستخدمها سيارات النقل الثقيل فى النقل البرى، كما أن الوحدة النهرية، تزيد قدرتها فى النقل إلى 1200 طن، وهو ما يعادل حمولة 40 سيارة نقل. ومن جانبه لم يترك هانى ضاحى، وزير النقل الحالى، مناسبة إلا وأكد فيها سعى الوزارة لتفعيل دور النقل النهرى، للوصول بحجم التجارة المنقولة نهرا إلى 10% من إجمالى حركة نقل البضائع فى مصر , خاصة أن الوحدة النهرية تعادل 30 عربة ثقيل , بالاضافة الى اعداد دراسة لتطوير البنية التحتية لمجرى النهر وتكريكه للوصول إلى الغاطس الذى يتناسب مع السفن والوحدات العائمة، وتطوير الأهوسة بما يقلل من زمن المرور، وتطوير الكبارى التى تحد من ارتفاعات البضائع على وحدات النقل النهرية. كما شملت الدراسة تطوير الموانئ النهرية وتجهيزها بمعدات شحن وتفريغ حديثة، مع ربطها بشبكة طرق، وتحديث الملاحة على طول النهر، والانتهاء من المنظومة المعلوماتية.