مشكلة الصرف الزراعى أكثر المشكلات التي تهدد واحة سيوة بالفناء، تلك المشكلة التي قضت على أكثر من 48 ألف فدان من الأراضى، التي تحولت إلى برك بفعل الصرف الزراعى، وباتت تهدد مستقبل الواحة دون أن تجد حتى الآن مكانا للعلاج في خطة الدولة. أهالي الواحة يرجعون سبب المشكلة إلى كون سيوة واحة منخفضة عن سطح البحر، وهى في الأساس بلد زراعى ومع التوسع في الرقعة الزراعية لم تعد الآبار الرومانية القديمة كافية لرى الزراعات، بما استدعى حفر المزيد من الآبار دون رقابة من قبل المزارعين والشركات الاستثمارية، الأمر الذي أدى إلى زيادة منسوب مياه الصرف الزراعى وتمركزها بأربع بحيرات. رئيس اللجنة الدائمة للرى في واحة سيوة الحاج محمود إبراهيم، اقترح إقامة محطات رفع لمياه الصرف الزراعى في الواحة لزراعة غابات شجرية في مناطق الكثبان الرملية المحيطة ببحيرات مياه الصرف، «بهى الدين» بإجمالى 3 آلاف فدان، و«سيوة» بإجمالى 7 آلاف فدان، و«أغورمى» بإجمالى مساحة 37 ألف فدان، ليصل إجمالى مساحات هذه البحيرات إلى 47 ألف فدان، التي تبلغ كميات مياه الصرف بها أكثر من مليار متر مكعب. مدير عام الصرف بسيوة، يقول إنه تم تنفيذ خطة لتخفيض منسوب مياه الصرف الزراعى الواصل إلى بحيرات سيوة المائية، ما أدى إلى انخفاض منسوبها مترا ونصف المتر، مشيرا إلى أن وزارة الرى تستهدف حل مشاكل الرى في سيوة لتحسين خواص التربة، وزيادة إنتاجية المحاصيل الزراعية. من النسخة الورقية