شهدت البحيرة علي مر العصور ملفات إهمال من الحكومات السابقة والحكومة الحالية أخطرها ملف إهدار الثروة البشرية والحيوانية والزراعية، حيث ترتكب أبشع الجرائم في حق شعب محافظة البحيرة بالتخلص من مياه الصرف الصحي في فرع رشيد والرياح البحيري والرياح الناصري بكمية تقدر سنويا بحوالي 3 مليارات و750 مليون متر مكعب في حدود 75% من مياه الصرف الصحي التي تصل إلي حوالي 5 مليارات متر مكعب يتم معالجة حوالي 2 مليون و250 مليون متر مكعب في حدود 25% فقط. أما النسبة المتبقية وهي 75% فيكون من نصيب محافظة البحيرة تصلها عن طريق مياه الشرب أو الري أو الصناعات المختلفة فقد تم ري حوالي مليون و752 ألف فدان من هذه المياه بالأراضي الطينية والأراضي الصحراوية، كما يوجد 42 محطة مياه شرب مياه بحاري تغذي 2 مليون و470 ألف مواطن موجودة علي الرياح البحيري والترع المتفرعة من الرياح البحيري والناصري وفرع رشيد ويوجد أيضا 360 محطة مياه شرب جوفية يتغذي من خلالها حوالي 3 ملايين و263 ألف مواطن وهذه المياه لا تقل خطورة عن مياه الشرب البحاري ولكن هي جزء منها حيث المياه الجوفية هي المياه الفاقدة من مياه فرع رشيد والرياح البحيري والناصري وري الأراضي بالغمر وتم تسريبها من خلال طبقات الأرض وتخرج مرة أخري عن طريق الآبار الارتوازية وتصل إلي المواطن ملوثة وبها نسبة أملاح وحديد كبيرة أيضا، كما نجد الإجمالي 5 ملايين و673 ألف مواطن يتعاملون مع هذه الأمراض التي تسببها هذه المياه من خلال الاستخدامات عن طريق الشرب أو الري أو تناول الحاصلات الزراعية الطازجة أو الاستحمام في هذه المياه، كما يتراوح نفوق الأسماك سنويا بين 200 إلي 300 طن بسبب هذا التلوث وقد نجد بعض الأمراض تنتقل إلي الحيوانات وتهدد الثروة الحيوانية والأمراض الوبائية فقد تحصد أرواح المواطنين بمحافظة البحيرة ويوجد حوالي 67% عندهم الكبد والفشل الكلوي.